上述方案既不可行，蒋介石只能重新考虑东北接收计划。11月7日，蒋决定“先收复关内与内蒙，而后再图东北”。13日和14日，蒋介石召集陈诚、白崇禧、何应钦、王世杰、张群、熊式辉等讨论东北局势，通过暂时搁置东北问题、撤退行营的决定。14日，蒋介石函告在长春的蒋经国：“照目前局势以及根本之计，只有将东北行营迁移于山海关，决由山海关循铁道进入东北之一途，而对苏联仍与之继续周旋，不取决裂形势，不过明示其我政府在事实上已无法接收东北，行使主权，故不得不迁移行营地点，暗示其责任在彼而不在我也。”15日，外交部照会苏联驻华大使馆称：兹因运兵至东三省事，遭遇诸种阻碍，以致东北行营及其随行赴东北接收各项行政之人员，不能达成其任务，故中国政府决定，东北行营全体迁移至山海关，派行营副参谋长董彦平为军事代表，在马林诺夫斯基元帅之总司令部所在地，随同进止，以资联系。（《总统蒋公大事长编初稿》卷五（下），878页；《中华民国重要史料初编——对日抗战时期》第7编第1册，146—147页。）至此，国民党接收东北计划遭受重大挫折。
与国民党接收东北之受挫相比，中共对东北的经营则相当成功。抗战刚刚胜利，中共冀热辽军区即派第16军分区司令员曾克林率领4000多人，于1945年8月底从山海关以北绕道进入了东北，并在30日占领山海关，卡住了由陆路出关之必经咽喉要道，占据了进入东北的天时与地利。此时，因为苏军尚未完全控制东北，东北情况还不明朗，中共对能否大举派军队进入东北一时尚不能断定，因此中共的态度较为谨慎。但先期进入东北的中共人员传回的情报，对中共在东北的发展前景均持乐观态度。中共判断苏联虽因中苏条约有将东北交给国民党之义务，但对中共的活动“将会采取放任的态度并寄予伟大之同情”，而且国民党在东北向无基础，调派军队困难多多，中共“有很好的机会争取东三省和热、察”。因此，中共对进军东北的态度趋向积极，增加派往东北的部队和干部数量，并要求迅速出发，以非正式方式进入东三省。（《中共中央文件选集》第15卷，257—258页。）
9月中旬，中共决定了“向北发展，向南防御”的战略方针，由此使进军并经营东北成为中共战后战略布局中最重要的一着棋。为了经营东北，中共决定组成由彭真任书记的东北局，并先后派林彪、罗荣桓、高岗、陈云、张闻天、李富春等，包括4位政治局委员、20位中央委员和候补中央委员，占中共七届中央委员近1/3的高级干部前往东北。9月18日，中共在东北的最高领导机构——东北局负责人彭真、陈云等到达沈阳。当时正值苏联对国民党企图依靠美国海运部队接收东北不满，并对国民党的接收行动有所阻挠。彭真等在与苏方交涉后报告中共中央：苏方已下最后决心，大开前门，此间家务全部交我；他们建议中央下最大决心，立即从各区抽调主力赶进，用尽一切办法控制此间；认为这是决定全局的一环，宁肯牺牲其他地区，使之化为游击区，即使暂时丧失都值得。 （《彭真传》编写组：《彭真年谱》上卷，292页，北京，中央文献出版社，2002。）中共因此进一步坚定了向东北发展的决心，调派大批部队日夜兼程赶赴东北，而此时国民党接收东北的最高领导机构——东北行营尚在组建之中，东北尚无国民党的一兵一卒。到1945年底，中共出关部队总数已近11万人，其中以山东军区6万余部队为出关主力，其他还有新四军第3师3万余人，以及部分陕北、冀中、晋绥的部队，还有2万干部，加上到东北后扩充的部队，中共在东北已有13个军区3个纵队5个师17个旅，共27万余人。1946年1月14日，中共东北人民自治军改称“东北民主联军”，林彪任总司令，彭真任第一政委，罗荣桓任第二政委。在苏联的支持与默许下，中共先后成立了滨江、奉天、安东、辽北、黑龙江、合江、嫩江省政府和大连、哈尔滨市政府，控制了东北近一半的县份，初步建立了一套自上而下、相当完整的党政军领导体系。中共进军东北之迅捷效能与国民党接收东北之迟缓拖沓恰成对比，双方战后经营东北之成败得失亦于此可知。
国民党在接收东北情势不利，被迫撤退行营之后，一方面在外交上继续与苏联交涉，并取得些微进展，接收了若干省市的行政权；另一方面尝试以武力打入辽西走廊，为未来的武力进军预作部署。10月间，国民党第13军、52军在美军运输和掩护下，于秦皇岛登陆，迫近山海关。蒋介石命令杜聿明首先占领山海关，以控制出关交通线。中共认为，如能将山海关控制在手，在苏联不许国民党军于东北各港登陆的情况下，即可将国民党军拒于东北之外，而由中共独占东北。因此，中共中央多次指示东北局，改变过去分散发展的方针，守住东北门户，争取时间，“竭尽全力霸占东北，万一不成，亦造成对抗力量，以利将来谈判”。（《彭真文选》，634页，北京，人民出版社，1991。） 国共在东北的武装冲突因此而不可避免。
国民党第13军、52军共7万余人，均为美械装备，而中共防守山海关的部队只有6个团1万余人，无论人数与武器装备均远不如国民党军。杜聿明令2个师对山海关进行正面攻击，2个师迂回攻击山海关侧背，2个师为预备兵团，自11月15日上午起，首先向山海关侧翼九门口和义院口攻击并占领之；次日，又向山海关正面发起攻击。中共部队经过一天的抵抗，无力支持，当晚撤离阵地。杜聿明随即下令国民党军沿铁路和公路快速向前推进，19日占领绥中，22日占领兴城、锦西与葫芦岛，26日占领锦州。受命指挥东北部队的林彪认为，部队疲惫涣散，战斗力甚弱，不宜与国民党军硬拼，因此并未部署坚守，而是率主力退往辽西。此时正值国民党撤退东北行营，苏联出于外交战略之考虑，对中共在东北的活动有所限制，中共“霸占东北”的战略无法实现，中共中央同意林彪的部署，并在28日电告东北局：“我主力初到，且甚疲劳，不能进行决战……又东北问题已引起中、美、苏严重的外交纠纷，苏联由于条约限制，长春铁路沿线各大城市将交蒋介石接收，我企图独占东北，无此可能……目前你们应以控制长春路以外之中小城市、次要铁路及广大乡村为工作重心。”（《中共中央文件选集》第15册，447页。）
国民党军占领锦州后，杜聿明对继续前进跃跃欲试，他向蒋介石请调10个军，夸口可在3个月解决东北问题，然后再回师华北，肃清察绥。蒋介石因对苏联的态度没有把握，惟恐出关部队“中途再受其胁制，陷于进退维谷之境”，因此对杜部的进止“特别慎重”。一些国民党高级将领，如白崇禧、徐永昌等亦认为“欲保东北，必先固平津，欲固平津，必先定热察”，“东北军事因运输困难，增援补给均属不易，加以关内绥包之围未解，奸匪主力尚未击破”，因此，杜部“后援不继，侧背暴露，似不可过于深入”。他们建议“此刻只能巩固锦州”，同时“应速增兵沿平绥路，先占南口、万全，速解绥包之围”，“竭力打通徐州以北之津浦段，以便运输及肃清冀鲁之匪”。美国顾虑与苏联的关系，对国民党军此时进入东北亦不表示支持，魏德迈建议蒋介石应该首先控制华北。美国军事顾问认为，全面接收东北之前提为：华北已告稳定，苏联态度友好，国共冲突保持现状。具体实施须先控制华北要点及交通要线，使用兵力至少需15个师，并有详尽之运输补给计划方可进行。蒋介石因此不得不暂停对东北的进攻，严令杜聿明：“我军进驻锦州后，应先占领义县及其以西地区，建立周围强固工事，严防朝阳方面之来袭击也。待占义县后，切实整顿后方交通线路，非有命令，不得向大凌河以东地区进占。”（《蒋中正总统档案·革命文献·戡乱时期（接收东北与对苏交涉）》上（二）第1册，224、240、279—280、287—288页。）国民党军暂时停止于锦州附近，东北问题转入外交与政治斗争。
国民党在东北接收不利，遂企图寻求美国的帮助。11月17日，蒋介石致电杜鲁门称：“当前之东北局势不仅危及中国之领土完整与统一，实已构成东亚和平与秩序之重大威胁。窃意此种局势，需待中美双方之积极的与协调的动作，以防止其继续恶化。”驻美大使魏道明也对杜鲁门表示：“东北问题不能视为中国问题，乃系整个世界问题之一面……望美国尽量与吾人可能之协助。”但美国虽不满意苏联在东北的作为，也对国民党给予了如运兵等有限的支持，但美国深知东北于苏联之切身利害关系，不希望自己过多卷入，以避免与苏联发生直接冲突。因此，杜鲁门只能表示对“苏联此种态度，甚为失望”，对国民党的求援“频表同情”，然并未再有进一步的行动。但无论如何，国民党撤退东北行营的举动还是给了苏联一定的压力，在当时的国际背景下，苏联也要顾忌条约义务和与美国的关系，从而对国民党作出缓和姿态。11月17日，苏联驻华大使照会外交部，表示苏军“对于中国政府将予应有之协助”，对于中共部队“未曾予以任何帮助”。 （《中华民国重要史料初编——对日抗战时期》第7编第1册，149、153—156页。）与此同时，据中共东北局向中共中央的报告：“长春路沿线及城市全部交蒋，有红军之处不准我与顽作战，不准我存在，必要时不惜武力将我驱散。”中共中央为此指示东北局：苏联“既如此决定，我们只有服从，长春路沿线及大城市让给蒋军，我们应作秘密工作布置”，要求“迅速在东满、北满、西满建立巩固的基础”，作长久打算。（黄瑶：《罗荣桓年谱》，462页，北京，人民出版社，2002；《中共中央文件选集》第15册，431、434页。）11月23日，东北局撤离沈阳，进驻本溪。但中共中央和东北局之间以及东北局内部，对东北形势的估计各有不同。东北局在关于今后工作的指示中，仍提出在尊重苏联外交政策及照顾苏联国际信用的条件下力争大城市，并在中共中央指示以中小城市、次要铁路及广大乡村为工作重心后，保持了城市与农村工作并重的局面。当年底，***电告彭真：“你们今天必须放弃争取东北大城市的任何企图。……你们今天的中心任务，是建立可靠的根据地，站稳脚跟。”（《***选集》上卷，374页。）毛泽东则在给东北局的指示中提出：“我党现时在东北的任务，是建立根据地，是在东满、北满、西满建立巩固的军事政治的根据地。”（《毛泽东选集》缩印合订本，1075—1076页。）这些指示的精神被概括为“让开大路，占领两厢”，以中共擅长的建立农村根据地的战略与国民党争夺东北。
东北行营撤退后，国民党对如何处理与苏联的关系也无明确定论。国民党能否顺利接收东北的关键在于苏联的态度，如蒋经国给他父亲的信中所言：“苏方对我国如不能谅解，则东北不但今日，即今后亦不得安定。盖苏联对于所谓道义感情，并不重视，所要求者，乃现时之利益也。”东北是苏联的“现实利益”所在，自然不会轻易交由具有美国背景并与苏联有交恶历史的国民党接收。如何才能消除苏联对国民党的疑虑，蒋经国认为：“大问题之处理，既不可意气用事，亦不可专讲面子，而必须走一步是一步，争一点是一点也。”（《总统蒋公大事长编初稿》卷五（下），876—877页；《蒋经国自述》，165页，长沙，湖南人民出版社，1988。） 但蒋介石沿用其传统思维，寄希望于苏联撤军后用武力解决问题，如此一来，国民党对东北问题表现消极，只有张嘉璈和蒋经国还在做着对苏外交的努力。12月30日，蒋经国抵达莫斯科与斯大林会谈，他代表蒋介石表示，希望双方彼此谅解，加强关系，并请斯大林劝告中共与国民党合作。斯大林则反复表示，苏联不干涉中国内政，支持国民政府，但在东北问题上，斯大林没有作出任何使国民党满意的承诺。蒋经国此行可谓一无所获。
国民党撤退东北行营后，于11月底与苏联达成协议，决定苏军延期1个月至12月底撤离；至12月底，又将苏军撤离时间再延至次年2月1日，从而缓解了苏军立即撤离而国民党军未至、东北将由中共接管的尴尬局面。苏联还同意国民政府接收东北若干城市与省份的行政权力，国民党因此先后接收了长春、沈阳、哈尔滨、四平、齐齐哈尔市和辽北、松江、嫩江省，但因为没有武装随行，国民党接收人员大多坐困于这些所谓接收省市，无法真正开展工作。
