这一时期，西北边疆噶尔丹的对外政策发生了一些变化。噶尔丹在北方极力讨好俄罗斯，又准备出兵攻击喀尔喀蒙古。准噶尔政权周边都是一些强有力的政权了，下一步计划噶尔丹先请示了黄教五世教主，“西域既定，诸国咸愿奉为汗。噶尔丹乃请命黄教五世教主，始行。卜失克兔汗事视西北诸国，唯喀尔喀为大，称汗久，莫之与京。”噶尔丹进攻喀尔喀是有准备有计划的行为。他天天简练部落，若将赴斗者，其事多秘而不宣，喀尔喀于是有戒心焉。西域穷发之国，莫不奔命于俄罗斯，日以益盛，或谓黄教五世教主亦为之期会云。
从准备进攻喀尔喀开始，噶尔丹的抱负是要建立一个自己的汗国。即由准噶尔掌权的准噶尔大汗国，不是恢复成吉思汗的蒙古黄金家族汗国。同时噶尔丹也没有要灭亡清朝的意思，至少当时没有。就是与清开战后也没有要吞并清朝的意思。“君长南方，我长北方”就明确表达了噶尔丹个人的愿望。
1688年，经过了多年准备的准噶尔发兵3万突袭喀尔喀，致使喀尔喀亡。喀尔喀首领土谢图汗和哲布尊丹巴逃到清朝边界，请求避难。但是，对清朝来说，关注更多的是大清边界的安定问题。于是清朝一方面命令“边塞地方，宜加防守，翁牛特、巴林、克西克腾、四子部落等旗，共派兵二千五百名，暂住苏尼特一带汛地防守”，一方面让噶尔丹停止追击喀尔喀。
但是，噶尔丹态度坚决，表示一定要捉到土谢图汗和哲布尊丹巴。康熙帝“料想，厄鲁特蒙古，俄罗斯、回子、汉人等地都会遵行黄教首席喇嘛的意见，平安相处。”所以派使者到西藏请黄教教主派代表进行调解。同时，噶尔丹、喀尔喀也分别派使者到黄教教主处表达自己的愿望与要求。这样，矛盾各方都把西藏黄教五世教主当作转言者、调解者，特别是清廷，不愿意依靠战争方式解决问题，总是想凭借黄教五世教主的影响力达到自己的目的。
需要说明的是，黄教五世教主已于1682年圆寂，第巴桑杰嘉措隐瞒信息，借之黄教五世教主名发令。只是第巴的各种命令并没有违背教主的意愿，而是对教主政策的一个延续，因为五世教主曾经明确表示过桑杰嘉措有三大优点：像自己的孩子一样，服从指示，在处世和处理政教二规事务方面与自己亲自所办相同。可以说，第巴对噶尔丹和清廷的态度处理上也是符合黄教五世教主的意愿的。
对清廷要求调解的要求，黄教五世教主的回复意见是：“皇上抚视人民，中外一体，闻厄鲁特、喀尔喀两国相残，即谴人赉赦谕和。”由于使者途中出意外，“遵圣谕，又谴卜克冈喇嘛去矣”。但卜克冈喇嘛到噶尔丹处后所起的作用并没有达到希望的那样。康熙帝再改派伊拉古克三呼图克图和商南多尔济喇嘛往拉萨见黄教五世教主
但是，康熙二十八年1689年四月，伊拉古克三呼图克图到达拉萨后，第巴桑结嘉措将他当作自己的使者，同济隆呼图克图一起派往科布多，协助噶尔丹执行下一步行动计划。另遣善巴陵堪布喇嘛为使去北京，向康熙皇帝提出将土谢图汗和哲布尊丹巴呼图克图擒送给噶尔丹，并担保此二人性命不会出问题。善巴陵堪卜给康熙帝说：“黄教五世教主，令奏圣上，但擒土谢图汗、哲尊丹巴胡土克图，畀噶尔丹，则有利于生灵。此两人身命，我当保之。”黄教五世教主的这个态度竟然与噶尔丹的立场一样，清朝认为这是偏袒一方。而黄教五世教主非常明朗地支持噶尔丹立场的做法也让清廷非常意外。所以给黄教五世教主复信，再次强调，自己的愿望是：“朕与尔向来之意，举无所偏庇，是以屡屡遣使往谕，即今亦仍冀其和好也。”“朕抚视万邦，有如一体，意无偏徇者如此。尔喇嘛行事，利济众生。想善巴陵堪卜所奏，未必为喇嘛之言，如果喇嘛之言，何以不具疏来奏乎?朕心疑之，特撰敕遣询，著将此项原由，明白具本回奏。”
康熙帝明确提出了不相信这个意见是黄教五世教主本人提出的，怀疑是他人的意见或是被要挟而做的决定或者使者假传黄教五世教主旨意。黄教五世教主处世向来和缓谦恭低调，这份奏言的拒绝直接明朗，一改风格，对噶尔丹的军事行动赤裸裸的支持，被敏感老练的康熙帝感觉到了。同时也说明了在政治斗争上第巴远不是康熙帝和黄教五世教主那个级别的对手。
准喀交战事关大局，之前各政权各部族的关系从这次各方的态度立场上一目了然。西藏力鼎噶尔丹已经是不争的事实。为什么在这个关键问题上黄教五世教主公然敢与清廷抗礼？黄教五世教主乃至第巴桑结嘉措把噶尔丹的这次行动看作是关乎西藏与准噶尔未来的大事，所以，立场很鲜明，只是第巴表达太急太直白，被清廷看穿了不是黄教五世教主本意。康熙帝虽然并不知道与自己意见向来一致的黄教五世教主已圆寂，但是从当时对方的态度来看，借籍黄教五世教主的宗教威望使喀尔喀和准噶尔会盟议和、制止噶尔丹进兵清朝边界已经不可能了。康熙皇帝从根本上改变了以前对噶尔丹的策略，决定武力解决准噶尔事宜。
乌兰布通战役一开始，噶尔丹就派伊拉古克三呼土克图到清营，请求把土谢图汗、哲布尊丹巴交出来。伊拉古克三呼土克图本来是清廷的使者，也曾经是黄教五世教主的特使，这次以噶尔丹使者身份说服清朝。清朝的立场也是很明确的，坚决不交出二位头领。战事进行中，噶尔丹又派济隆胡土克图到清军大营说和，说自己“信伊拉古克三，及商南多尔济之言，深入汛界。部下无知，抢掠人畜，皆大非理。圣上乃一统宇宙之主，博硕克图汗不过小部头目，何敢妄行?但因索其仇土谢图汗及泽卜尊丹巴，致有此误。彼今亦无索土谢图汗之意，但祈圣上慨允，以泽卜尊丹巴，遣送其师黄教五世教主，荣光莫大矣。”这样清朝就停止了进攻，噶尔丹得以逃跑。
在之后的战事中，清朝不满意于西藏方面的态度立场，更不满意于作为使者的喇嘛们的多重间谍行为，所以与各方有很多书信往来，怨言不断。康熙帝派使者到西藏黄教五世教主处，将黄教五世教主**与济隆胡土克图的行为告知西藏，“尔近侍与济隆胡土克图等……身在噶尔丹营中，并不说和。噶尔丹藉追喀尔喀为名，阑入边汛，劫掠乌朱穆秦，又不劝阻。且噶尔丹与我军交战，济隆张盖于山顶观之，而报尔为竭力说和，听从立誓。济隆之去，朕面谕以告尔喇嘛之言，亦不行传谕。”并特别表明，这一切康熙帝自己认为是由于黄教五世教主近侍与济隆胡土克图“通同贪利，而欺蔽尔，徇庇噶尔丹之所致也”，“朕灼见与尔喇嘛无涉，是以朕不责汝。朕向来惟以实心待尔，故将若辈行事，违朕与尔之意”，并希望黄教五世教主不要答应噶尔丹请求发兵援助的要求。并给使者交代了几种策略和要达到的目的。第一，见不到黄教五世教主，就要求黄教五世教主亲自写封回信带回来。第二，如果第巴派遣**来，则要把投降的众厄鲁特人，一起带来。第三，“如第巴又言黄教五世教主，将使垂中为之卜，尔但诘之云，‘垂中所祷祀者，惟**喇嘛耳。黄教五世教主，犹有问垂中而行之理乎?’”第四，如果证明了黄教五世教主身故是事实，就代传言让**主持黄教事务。第五，必须将济隆呼土克图带来。如果第巴要杀济隆，你一定要极力保住济隆。如果第巴不派济隆来，你可以对第巴说，你为了一个人而违背圣上之旨，圣上能放过你吗？第六，如果正巧遇到策妄阿喇布坦的使节，你就把噶尔丹的前后诸事详细告之。说我圣上，无诛噶尔丹之意，至今仍然派将军留大兵以招抚之。最后，特别交代，这些事办完后，火速告辞返回，不得久留。
从以上康熙帝的亲**代中，可以感觉到，康熙帝认为这些黄教弟子大多站在噶尔丹一方的立场上，特别是从西藏派出的喇嘛使者，这样西藏的立场很明显与噶尔丹一方，这对清朝很不利，只是决策出自谁康熙帝还不明确。从西藏方面来看，是决心与噶尔丹建立同盟了。虽然西藏也出面希望准噶尔与喀尔喀息兵，但是，也希望喀尔喀因此战而能受准噶尔的节制，这样，蒙古就都归西藏节制了。只是，噶尔丹出兵喀尔喀以致于与清朝开战，操之过急了。从噶尔丹方面来讲，虽然也听西藏方面的建议，但是噶尔丹自己明白，他最终要建立的是一个不受清朝节制甚至不受西藏节制，相互之间平等并相互支持的一个准噶尔大汗国。
