自康熙十二年十二月至十五年四月，战乱不断扩大。吴三桂兵出云贵，进据湖南省的澧州、常德、岳州、长沙；清军则退驻湖北省的荆州、武昌、宜昌一带，但不敢渡江撄其锋。孙延龄叛于广西，罗森、郑蛟麟、吴之茂叛于四川，耿精忠叛于福建，台湾郑经渡海进兵福建漳州、泉州和广东潮州，提督王辅臣又叛于宁羌，击杀清陕西经略莫洛。四方震动，人心动摇。康熙帝欲亲征，经议政内大臣密议谏止。清军四处受敌，顾此失彼，毫无战绩。
吴三桂的大军攻入了湖南溪州土司彭超龙的地盘。彭超龙不愿背叛满清朝廷，与吴军拼死作战。吴军兵强马壮，重炮强弩，一路胜仗。彭超龙不敌，丢城失地，本人及家属和大部分将士战死。只剩下千把兵士突围逃了出来。这千把残兵败将聚到二酉山龙书观，一定要彭云龙还俗，出山接任溪州土司一职，替彭超龙报仇雪恨，收复溪州土司的地盘。彭云龙只好下山，带领这千把人投靠沅州清军。清朝授予彭蟠（彭云龙）参将一职，带领这这千把人随清军作战。此时，此部清军无一次取胜，接连退守常德、荆州，直叫人憋气。
吴三桂想以恢复明朝作幌子，用以收拾人心，但其背叛明朝的行为早已昭昭于人耳目，所以恢复明朝的旗帜并不能骗人。吴三桂不但得不到广大汉族人民的同情和支持，甚至连明朝尚存的遗老也无人出来理睬他。不过，吴三桂的发难，也鼓动起一次很大的反清浪潮。吴三桂军以破竹之势，由云、贵直冲湖南，长驱至岳州，湖南全省尽为占有。吴三桂又分军犯四川。四川提督郑蛟麟、巡抚罗森、总兵谭宏及吴之茂均降，四川全省皆下。于是，云南、贵州、湖南、四川四省尽入吴三桂之手。
吴三桂兵锋甚锐，一时响应者四起，在福建有靖南王耿精忠，在广东有总兵刘进忠、平南王尚之信，在广西有将军孙延龄，在陕西有提督王辅臣，在湖北襄阳有总兵杨来嘉，在河南彰德有总兵蔡禄。这样一来，中国西南全部和东南沿海地区以及中原、西北一带，都骚动起来，战火弥漫十数省。
吴三桂只用了不到半年时间，就以锐不可当之势，十几万大军出云贵占领湖南四川两省，饮马长江，四方响应。吴三桂志得意满，欲一鼓作气直捣幽燕。吴三桂向康熙皇帝发出讨伐檄文，要康熙做好滚回东北建州的准备。
康熙皇帝和百官岂肯束手就擒，座以待毙。康熙在应付吴三桂这一挑战中，表现出他的雄才大略。他看出主要的叛变者是吴三桂，所以采取的对策是，集中主力打击吴三桂，决不给予可以进行妥协讲和的机会。而对其他的叛变者则大开招抚之门，只要肯降，不咎既往，以此来分化敌人，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。康熙皇帝首先将居在北京的吴三桂长子应熊和长孙世霖处死，以震慑吴三桂一伙。吴三桂闻听此信息后，气的茶饭不思，吐血不止。
在前线战场上,康熙皇帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领八旗主力大兵至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙皇帝又放手利用汉将汉兵来应付作战，使其充分发挥作用。
吴三桂大军立即收住了攻势，不能渡江前进，只得转而在湖南采取守势，沿江布置防御工事，与清军对峙，结果势力不能出湖南一步。吴三桂大军长时间止步长江以南的宜都、公安和岳州等地。吴三桂欲与清廷划长江而治，淸廷不允许和谈。
以吴三桂为首的反清阵营突质上是虚弱的，内部各派势力互相利用，矛盾重重，经不起持久的军事攻击与政治瓦解。康熙十五年（1676年），陕西的王辅臣和福建的耿精忠先后投降清朝。次年，广东的尚之信也投降于清。吴三桂大军局促于湖南四川云贵一隅之地，外援日削，而清岳乐之军已由江西进围长沙。吴三桂势力由此由盛转衰，在战略相持中失去了进取中原直捣幽燕的机会。
王辅臣本姓李，河南人(又说山西大同人)，少为宦官家奴，后参加农民起义，被王进朝收为义子，改姓王。有吕布之勇，别号马鹞子。清兵围大同时，辅臣乘黄骠马，冲锋陷阵，往来厮杀，如入无人之境。乃至清兵远望黄骠马驰骋奔突，便惊呼“马鹞子来了”，撒腿逃命。降清后，辅臣随英亲王阿济格入京都，被编入汉军正白旗。“都中满汉，无不以一识马鹞子为荣矣。”洪承畴经略黔滇收服明朝残部时，王辅臣为右营总兵，辖云南东部，驻曲靖府(今云南曲靖市)。后，洪承畴还朝，辅臣辖地遂隶属于平西王吴三桂。吴三桂爱王辅臣之英勇无敌，待之“有加于子侄”，“有美食美衣器用之绝佳者，他人不得，必赐辅臣”。
王辅臣很爱护部下。有一次，王辅臣奉平西王命征讨乌撒，与诸将会聚马一棍营中。席间饮酒薄醉，一将见辅臣饭盂有死蝇，呼曰“饭有蝇！”马一棍待属下极严厉，犯者常一棍立毙，故得号“一棍”。辅臣恐其因死蝇而杀庖人(厨师)，故曰：“我等常经历刀枪炮火，有饭吃就好，哪有那么多挑剔，战斗之际，死蝇也曾随饭而下”。庖人得以不死。
后王辅臣被引见给康熙，改隶旗下。康熙九年，擢辅臣为甘陕提督，驻平凉。临别时，康熙召见云：朕欲留你在朝，只因“平凉边庭重地，非女(汝)不可。”又说：元宵节到了，陪我看花灯后再起程不迟。行前入辞，“温语良久，授以方略，重加赏赐”。又取御前蟠龙豹尾枪一对，对辅臣说：此枪乃先帝付朕，今昔对比分一枪以赐你。你镇平凉，见枪如见朕，朕见枪如见你。
三藩之乱兵起，吴三桂给王辅臣信，请他出任总管大将军，当时康熙嘱咐王辅臣和张勇统领陕西军务，王辅臣没有和张勇打招呼，就让儿子王吉贞把吴三桂的招降书送给了康熙，康熙见信后大喜，封王吉贞为太仆卿。张勇的军功本来在王辅臣之上，就此和王辅臣心生嫌隙。四川提督郑蛟麟因为响应吴三桂的叛乱，康熙遣重臣莫洛出京担任大学士管理经略事宜，莫洛是原来的鳌拜一党，康熙赋予他全权调动山西陕西的兵马，王辅臣之前和莫洛有过节，而莫洛和张勇关系又好，莫洛一开始对王辅臣就很不友好，处处掣肘。
康熙十三年腊月，王辅臣奉旨南征吴三桂，军行至秦州(一说宁羌，即今陕西省宁强县)，部下袭斩经略莫洛。“然初非辅臣本意，方其下之谋为变也。辅臣以死自誓曰：‘宁杀我无(勿)负朝廷’”，但事已至此，朝廷只能视辅臣已反。康熙召辅臣子王吉贞入内，安慰说：“朕知女(汝)父忠贞，决不及此，由经略不善调御，平凉兵变，胁女(汝)父不得不从耳。女(汝)宜亟往，宣朕命，女(汝)父无罪，杀经略罪在众人。女(汝)父宜竭力约众破贼立功。朕赦众罪，不食言也。”吉贞赶回平凉，时辅臣尚驻秦州，留守平凉诸将正技痒难耐，奉吉贞为总兵。吉贞亦将康熙旨意置诸脑后，促成王辅臣叛清，随即退保平凉。王辅臣先后攻破兰州等地，陕甘危急。豫亲王多铎之子董额用兵无方，攻平凉八个月不下。
康熙十四年十二月，皇上立不到二岁的二皇子胤礽为皇太子，颁诏中外，加恩特赦。皇上希望通过建立储君和颁布特赦来争取天下民心。册立皇太子诏书中说：“授胤礽以册宝，立为皇太子，正位东宫，以重万年之统，以系四海之心”。
康熙十五年初，皇帝请大学士图海出前往陕西平叛。皇帝在太和殿亲授印信，任命图海为抚远大将军，统辖全秦军事。
图海号令全军：“仁义之师，先招抚，后攻伐。今奉天威讨叛竖，无虑不克。顾城中生灵数十万，覆巢之下，杀戮必多。当体圣主好生之德，俟其向化。”于康熙十五年五月攻克虎山墩，平凉震动。图海的幕客周培公攻心为上，招降王辅臣。康熙十五年（1676）六月七日，陕西的王辅臣投降清朝。
王辅臣投降后，康熙仍然授给王辅臣太子太保的封号，授靖寇将军，命令和图海一起镇守汉中。朝廷对那些随王辅臣叛乱又归顺的将弁，都原谅了，不再追究。但是王辅臣本人内不自安，曾经自杀了一次。康熙严令图海保护好王辅臣。图海还师西安时，王辅臣遣散妻妾，以酒自尽。
先前王辅臣在大同时，结发妻因城破自缢。后娶妻妾7人。平凉被困时，7人也自缢。再次降清后，复官加爵，又娶一妻。康熙二十七年，诏图海带辅臣入朝，辅臣自知此去必死。于是与妻反目，密语其岳丈：速领你女远嫁他方，以保全性命。
有工匠随征多年，呈文请假省亲，辅臣说，何须请归，走便走，逢人不可道一“王”字，命取银赏之。后又将库存银两，分赐亲随人等曰：你等长期跟我，“东西南北奔走，犯霜露，冒矢石，亦良苦！女(汝)等宜速去……”夜里，与尚在的数十人酣饮高歌，泣对众曰：“我起身行伍，受朝廷大恩，富贵已极。前迫于众人，为不义事，又不成。今虽反正，然朝廷蓄怒已深，岂肯饶我。大丈夫与其骈首戮于市曹，何如自死。然刀死、绳死、药死，皆有痕迹，则将遗累经略(指图海)，遗累督抚，遗累汝等。”遂嘱待醉后以纸蒙面，冷水噀之可致死，与病死无异。可说我暴病致死。众哭劝之，辅臣怒欲自刎。众从其言，天明以厥死上报。
