噶尔丹目睹了五世**周旋于各种政治力量之间的手段与策略，也深切体会过格鲁派（西藏黄教）从宗教意义上表现出来的强大力量。特别是五世**的言传身教，让噶尔丹领略了生存秘诀。从此，噶尔丹“有大志”，“好奇功”，而不是只当个草原小部落的“黄太吉”。噶尔丹在西藏期间，与当时西藏的实权人物交往甚密。同时，噶尔丹也未脱离漠西蒙古的政治生活。他不时返回蒙古准噶尔部参予其兄僧格的政治、外交活动。
有一次，噶尔丹在僧格驻地自己的帐内，设宴招待了正在准噶尔访问的俄国使者伯林，并不顾当时僧格要求俄国归还属民捷列乌特人的强硬立场，向伯林表示：我们“卡尔梅克人和台吉们在任何地方都不要发动对皇上陛下的战争。没有什么必要保护我们那些已经迁往皇上陛下那边去的捷列乌特人”。
不久，准噶尔部首领僧格在内讧中被杀，消息很快传到西藏。噶尔丹在西藏僧俗上层全力支持下，日夜兼程返回准噶尔，临行“五世**喇嘛多秘语，膜拜别”。噶尔丹在僧格旧部和卫拉特蒙古著名首领楚琥尔乌巴什、鄂齐尔图车臣汗的支持下，投入了这场上层统治集团的权力争斗。噶尔丹在准噶尔部众中有很大的号召力。故部落流散人员闻噶尔丹归，稍稍集聚千余骑。噶尔丹欲进，众曰：“兵寡地除，姑少留，俟畔。”噶尔丹曰：“进！汝等视吾枪所向。”众皆曰：“者。”华语诺也。
噶尔丹终于武力击败了政敌车臣、卓特巴巴图尔的势力，承袭为准噶尔部大汗，执掌最高统治权。噶尔丹率部与车臣、卓特巴巴图尔联军激战在阿尔泰山地区。其同父兄车臣率万骑接战，三分其军，驰向东，尘翳降天日。噶尔丹独当先，跃马挺枪，最深入，斩杀百十骑，溃其军，身不著一矢。车臣、卓特巴巴图尔联军不敌，退守金岭口，岭高，转石如雨下。嘎尔旦命更番仰攻，众莫敢往。嘎尔旦立斩宰僧数人，徇于军。身率二十骑先登。呼声振天地。遇七清汗（车臣），入其车，手缚之，左右皆走散，莫敢当。皆大惊异以为神，弃弓矢，下马趋拜降。车臣兵败被杀，卓特巴巴图尔携幼弟达哩及残部逃青海。噶尔丹“遂为所部长”，成了准噶尔政坛的风云人物。
俄国政府对噶尔丹上台十分重视。由于1668年俄国使臣伯林回国后立即将噶尔丹的谈话作了详报，引起俄国西伯利亚当局极大兴趣。在“一直是个多事的邻居”中，竟出现了这么一个难得人物。刚执掌政权的噶尔丹，也急于改善外部环境，缓和与俄国的关系。1671年夏天，噶尔丹上台不久，即派出信使把他已经控制准部局势的情况，通过克拉斯诺雅尔斯克将军苏马洛科夫转告了俄国当局。同年10月，噶尔丹热忱接待并派专使护送阿勃林至托波尔斯克。
噶尔丹返回准噶尔后，对政治权力和军事权力疯狂攫取的行为，与这个时期接受五世**思想的教诲有关，与格鲁派的影响有关，与西藏宗教力量争斗的现实有关。或者说，噶尔丹早年在西藏的经历让他有了权力至关重要的思想。**喇嘛的思想和战略必定是清晰地交待给了桑杰嘉措和噶尔丹，我们从五世**的只言片语中能感觉到一些。五世**对噶尔丹的赞美与夸奖远不如对第巴的高，而实际上五世**对他们两个的依重程度是同样的，没有厚此薄彼。那为什么会有这样的记载呢？或许有桑杰加错不愿噶尔丹与清朝的积怨波及到自己和影响西藏大业而删去五世**对噶尔丹的溢美之词和自己与噶尔丹的交情内容这样的因素。
噶尔丹的一生与五世**喇嘛、与西藏、与格鲁派理念息息相关。它们是噶尔丹思想行为、人生轨迹的大气候与小气候，是时势也是事实。噶尔丹初返准噶尔就开始四向出兵。他进行了一系列军事行动，先向西攻：“西北邻国，称黄台吉有六七部，尽擒其名王，收其兵。”再向东走，“土鲁番、哈密诸国，尽蚕食之，所过无强敌坚城。又檄塞下诸夷，诸夷咸顿首称臣，献诚恐后。分命所亲信，居沿边，又使其黄台吉居瓜、沙二州间，使控制各黄台吉，且以炯刺喀尔喀焉。”
东方既臣服，乃西击回回，下数十城。回回有密受马哈纳非教者，初迎降，雪夜袭击之。杀伤噶尔丹军士至十余万，马匹器械，失亡无算。马哈纳非，天方国以为圣人者。噶尔丹丧师返国，未尝挫锐气，益征兵训练如初。使人谓回回曰：“汝不来降，则自今以往，岁用兵，夏蹂汝耕，秋烧汝稼，今我年未四十，迨至于发白齿落而后止。”城中人咸闻股悚，门尝昼闭。其明年大破之，回回悉降，不敢复叛，于是益强盛。噶尔丹军兵之在俄罗斯与屯于金山者，有五十万，属国不与焉。满清朝廷还没太在意西北边疆蒙古噶尔丹势力的崛起，还在全力处置天朝上国的内部事务。
康熙十二年（1673年）三月，尚可喜第十一次疏请归老辽东，留其长子安达公尚之信镇守广东。尚可喜用的是其客金光的计策，上疏请以二佐领归老海城，而以之信袭爵留镇。金光，浙江义乌人，佐可喜久，以捕佛山乱民江鹏翥功，授鸿胪寺卿衔。屡以之信暴戾状告可喜，为可喜谋，冀得见上自陈。
康熙皇帝令下部议处此事。经户、兵两部和议政王贝勒大臣集议，认为如果尚之信承袭平南王爵拥兵留镇广东，必将跋扈难制。康熙帝诏令撤平南王藩，尚可喜、尚之信及平南王府全部将士家属撤还山海关外。
吴三桂和耿精忠得知已撤平南王藩不能自安，在同年七月先后疏请撤兵，以试探朝廷意旨。经户、兵二部确议，吴三桂及所部五十三佐领官兵家口应俱迁移。疏下议政王大臣会议，大学士索额图、图海等多以为三藩不可迁移。惟有刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等力请徙藩。康熙帝再命议政王贝勒大臣及九卿科道会同确议，画一具奏。诸王以下所见不一，仍持两议。康熙帝考虑到藩镇久握重兵，势成尾大，非国家之利；又以为吴三桂之子，耿精忠诸弟都宿卫京师，谅吴、耿二人不能发动变乱。遂下令三藩俱撤还山海关外。
吴三桂、耿精忠疏请移藩，实迫于形势，并非本意。吴三桂希冀朝廷慰留，如明代沐英世守云南之先例。及撤藩命下，愕然失望，遂与其心腹聚谋，暗中部署兵马，禁遏邮传，只许入而不许出，并勾结他省旧部，又与耿精忠联络应和，准备叛乱。
