三藩各拥精兵猛将，盘据南方数省。清廷又擢升吴三桂部将王辅臣为陕西提督，李本深为贵州提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十人为云南总兵。三藩势力几及全国之半。
吴三桂初镇云贵，清廷曾准予便宜行事，云、贵督抚全受他节制，所除授文武官员，号称“西选”，“西选”之官几遍各地。顺治十七年，云南省俸饷九百余万，加以粤闽二藩运饷，年需两千余万。邻近诸省挽输不足，则补给于江南，致使清朝财赋半耗费于三藩。吴三桂自恃势重，益骄纵，踞明桂王五华山旧宫为藩府，增崇侈丽，尽据明黔国公沐氏旧庄七百顷为藩庄，圈占民田，迫令“照业主例纳租”，并“勒平民为余丁”，“不从则诬指为逃人”。又借疏河修城，广征关市，榷盐井，开矿鼓铸，垄断其利，所铸钱，时称“西钱”。吴三桂专制云南十余年，日练兵马，利器械，暗存硝磺等禁物。通使**喇嘛，互市茶马，蒙古之马由西藏入云南每年数千匹。他遍布私人于水陆要冲，各省提镇多有心腹。部下将士多李自成、张献忠余部，勇健善斗。其子吴应熊为额驸，朝政巨细，可以旦夕密报。于是，吴三桂自以为根蒂日固不可拔，朝廷终究不会从他手中夺去云贵。
耿精忠袭封王爵后，纵令属下夺农商之业，“以税敛暴于闽”，纵使其部下“苛派夫役，勒索银米”。又广集宵小之徒，因谶纬有“天子分身火耳”之谣，妄称“火耳者，耿也。天下有故，据八闽以图进取，可以得志”。耿精忠两个弟弟为额驸。
尚可喜在广东令其部属私充盐商，又私市私税。广州为对外通商口岸，“每岁所获银两不下数百万”。尚可喜对清廷比较效忠，但年老多病，将兵事交其长子之信。尚之信素性桀骜，所为所行，日益不法。
总之，三藩各据一方，互通声气，已经成为国家巨患。正当大清朝廷准备动手处理三藩问题时，漠西蒙古的准噶尔部落出大事了。远在西藏的噶尔丹乘机回到了蒙古准噶尔部落。
噶尔丹是以活佛的身份返回准噶尔的，他在西藏跟随五世**喇嘛十多年，尽管**喇嘛弟子很多，但是能获得这种殊荣的并不多。五世**喇嘛赐予噶尔丹以宗教的影响力感召、凝聚准噶尔部众，威慑、打击敌对势力。
佛教在准噶尔的情况大致是这样的：准噶尔人自己的史籍中记载，先台吉拜巴噶斯曾随呼图克图（察罕诺门汗）学习佛法，悟透世俗，遂宣布弃红尘当喇嘛。但是，政权统治不能一日无首，于是大家向察罕诺门汗咨询：“是一个人当喇嘛福大，还是众人当喇嘛福大？”回答：“众人当喇嘛福大”。随后准噶尔联盟王公决定每人派一个儿子代替拜巴噶斯当喇嘛。这是明智地借宗教影响力挽救了现存的政治局势。当时，总共有三十二个王公的儿子当了喇嘛，又选二百个庶民的男孩以陪侍喇嘛身份到拉萨。拜巴噶斯无子，从和硕特巴巴汗诺颜的儿子中认了一个义子去当喇嘛，即咱雅班第达。著名的《蒙古卫拉特法典》更是把这个方法以部族必须遵从的方式固定下来，规定藏传佛教格鲁派为准噶尔汗国的国教；十人中必有一人献身于佛。
在这种背景下，1644年，准噶尔巴图尔浑台吉的儿子噶尔丹出世，巴图尔浑台吉先后育有十子，按照法典的规定，噶尔丹被送入西藏当喇嘛，那已是1649年前后的事了。历史的巧合是，少不更事的噶尔丹入藏时，五世**喇嘛阿旺·罗桑嘉措二十七、八岁，当时稳居西藏教权之首，并独掌格鲁派大局。噶尔丹返回准噶尔去独当一面时，也是二十七、八岁。由此，我们就能更明朗地感受给西藏带来了辉煌的五世**喇嘛给予噶尔丹的深刻影响。为此，我们必须先了解五世**喇嘛其人其事。
五世**是顿悟了那个时代西藏形势的一个精英。据五世**说，自己四岁前的事情不记得，之后的事情都记得。能记得的事情第一件就是铁鸡年（1621年）西藏喇嘛在蒙古军队支持下与藏巴汗的战争。根据之后的回忆，五世**的生活都是在控制西藏宗教权和世俗权的较量中度过的。五世**生存的十七世纪正是藏族历史上的转型期，格鲁派和噶玛噶举派各以一部蒙古军事力量的支持展开权势的争夺，随使蒙古军事势力深入到西藏。这一时期中参加到西藏地方的争权斗争中来的蒙古各部的领袖，有喀尔喀部的却图汗、察哈尔部的林丹汗、和硕特部的固始汗等人。当时西藏各种势力的斗争非常复杂，情况随时变化，需要审时度势的智慧和高超的政治手腕应付，虽然格鲁派占据了上风，但是其他教派的夺权斗争从来没有停息过。直到十七世纪四十年代，格鲁派才取得了绝对优势的地位。但是，接着，刚刚坐定****的清王朝就插手西藏各教派事务。起初，清朝的政策是对各教派都支持，这给格鲁派带来了压力，同时，格鲁派与其蒙古部支持者相互争夺世俗权的斗争也在暗中一直持续着。
清朝政府与五世**喇嘛建立友好联系，对清中央政府和西藏地方政府都具有现实及长远的利益。对于西藏而言，失败的藏巴第悉的残存势力不甘屈服，为了巩固新成立不久的西藏地方政权，尚需一种有效的政治力量的支持。对于清政府而言，若要统治各少数民族地区，特别是蒙藏地区，一个重要的条件就是得利用当时在群众中备受尊崇且享有很高声望的佛教，因而十分需要依靠第五世**喇嘛和第四世**大师二人。
公元1651年（藏历铁兔年），顺治皇帝专门派遣察干上师和席喇布上师前往西藏，敦请**喇嘛赴京。第二年，即1652年（藏历水龙年）三月，第五世**喇嘛率领西藏的僧俗官员及随从，共3000多人，出发前往北京。当**喇嘛一行抵达青海时，顺治帝命内务府大臣协古达礼康来迎。并从府库内赏给路途上所需食物。抵达甘肃时，皇帝又赐给**喇嘛金顶黄轿，**喇嘛乘轿于（藏历）十二月十六日到达北京。顺治帝根据双方意见，以畋猎之名，在南苑与**喇嘛相遇于路途的方式，进行了迎接。五世**喇嘛说“皇帝对我格外施恩。我献上珊瑚、琥珀、兽皮千张等贡物。皇帝回赐物品十分丰厚。”
**喇嘛赴祖国内地时，固始汗正莅患疾病，留于西藏，未能进京。但是，清世祖对于当时实际上控制着西藏局势的固始汗并没有忽视。清世祖仍然以金印、金册封赏固始汗。金印的全文是遵行文义敏慧固始汗之印。**喇嘛自祖国内地返回藏以后，逐步在前后藏地区修建了13座格鲁派寺庙，被称为“十三林”。
五世**喇嘛并未像仁蚌巴和藏巴第悉在统治前后藏部分地区时所表现得那样心胸狭窄，而是名副其实的“所领天下释教”，采取了宽宏大度的办法。特别写明对清朝皇帝所遣一般人员亦给予“五层薄垫”的厚待，得到皇帝赏赐印信的内官员给予适当高度的座椅。这充分反映了第五世**喇嘛不但一切显密经教以达化境，而且对于世间政务方面的典籍亦有广泛细致的研究。
在清朝皇帝的支持下，**喇嘛以其具有远见卓识的策略，从此逐步化解了噶玛噶举派与格鲁派之间的矛盾，使西藏内部形势趋于安定，甘丹颇章政权向着巩固的方向发展。五世**喇嘛对藏传佛教派系斗争中，先依靠东蒙古军事力量，后依靠和硕特蒙古力量得以生存发展壮大的历史耳闻目睹。五世**对格鲁派居优势地位后的藏王、**喇嘛、**三支力量分工掌管青藏僧俗事务的局面并不抱长久乐观态度。他需要一支忠心的、能掌控得住的军事力量。正在这一时期噶尔丹来到西藏，“居乌思藏日久，不甚学梵书，惟取短枪摩弄。”这时的噶尔丹单纯、尚武，正是不二人选。于是五世**喇嘛有意识地对噶尔丹进行培养。**喇嘛之徒遍西域，而特重噶尔丹。
可以受封的活佛候选人多了，已当喇嘛的王公子弟也很多，噶尔丹就那么出众那么优秀吗？非也。是五世**找到了实现自己心底构想的合适人选。相对于五世**的抱负而言，噶尔丹是最优秀的活佛人选。虽然就单个人综合素质而言，噶尔丹并不一定最优秀。**喇嘛对噶尔旦“所语密，虽大宝法王、二宝法王不得与闻”。“大宝法王”、“二宝法王”何职也？在明代是世袭的宗教职位，赐予金印为证，现在又加封了活佛身份，意即**喇嘛的几个亲传徒弟。现在，连大宝法王、二宝法王都不得闻的“语”一定是关乎格鲁派生存、发展的长远大计，不是当下的小政策。**喇嘛把百年大计秘密告诉噶尔丹，必定是将此重任委托于他了。之后，五世**又封噶尔丹为温萨活佛。这是五世**直接把噶尔丹往成功的路上推了一步。
噶尔丹笑曰：“安知护法不生今日。”这句回答源于黄衣僧抱怨护法太少，影响了教派的发展繁荣。而噶尔丹的回答语气是反问式的肯定句式。噶尔丹这样直接地说出结果，不论是出于年轻人的狂妄自负，还是出于自信有志，都可以说明噶尔丹已经明确知道自己就是未来的护法。
噶尔丹出生时有玄幻说法，“母梦身毒（指印度）僧”而有孕，出生时“金山（指阿尔泰山）时时有五彩云气”。“生而神异”是**喇嘛为给他一个活佛身份而做的宣传工作。五世**给予了宗教封号的喇嘛们出生时都描写有灵异的天象。五世**说，出生时有灵异出现的人才能在将来加封号，这是格鲁派宗教文化的鲜明特征。同样的，在中原文化体系中，也有这样的记载，人类始祖就是感孕而生，出生时祥云五彩。
噶尔丹是五世**喇嘛相中的武苗，而桑杰嘉措也是五世**喇嘛自幼养大的孩子。两个同时代的孩子一起跟随五世**喇嘛，有幼年的单纯友情，最关键的是明达事理后同被五世**喇嘛重视，视为左右手，使他们不因利益冲突而致矛盾。对五世**来说，如果说噶尔丹是有勇气的武士，桑杰嘉措则是有智慧的文官。这种前途命运的联盟方式让噶尔丹和桑杰嘉措的友情更加密切更加巩固。
关于桑杰嘉措，五世**在他的回忆录中丝毫不掩饰那种喜爱、欣赏和信任之情，“桑结嘉措从幼年时起就被托付给我，让我像对自己孩子一样抚养、守护。”“由于我自己不堪重任，需要任命桑杰嘉措为第巴。他现在已成壮年，在处理政教二规事务方面也与其他第巴有所不同，处世作事与我亲自所办相同，我将写有这些内容的条例交由众护法神保管，并把其中的一份挂在楼梯头上，将我双手的印迹显现在上面。”“第巴桑杰嘉措比起前任第巴来更忠于职守，服从指示，从各方面看，还需要大量的缘法。”
五世**喇嘛自幼就开始经历流血和不流血的权力争斗，积累了丰富的政治斗争经验。他运用所掌控的藏传佛教格鲁派的意识力量周旋于和硕特、准噶尔、清政权、尼泊尔、明廷余党、西域白山派、西域黑山派等势力中间，制约与依存并在，与各方力量达成一种平衡。当时，这些力量之间，谁都无法马上成为控制大局的一方，所以，各方都在夹缝中寻求发展的机会。但是这种平衡随时都会发生倾斜。在当时，能保持生存下来，才有发展和胜出的机会。清政权、准噶尔等无不处处时时追寻着这种平衡状态，在发展自己力量的等待中吞并对方。
对当时的情状，五世**自己说道，由于长期在明的暗的争斗中生存，自己对政事已经感到厌倦。但是有施主们提出他应该对世俗政权进行管理，使之完善，自己考虑到未来，所以有了参加政治的勇气。“我在铁蛇年（1641年）以前决定闻思苯教派的经论，诚如是，中间出现这种懈怠也不足为奇。但是，现在除了宗教活动以外，我主要从事行政事务，人们对此也极其高兴，大加赞扬。”
西藏五世**喇嘛虽然依仗和硕特蒙古使格鲁派占据了上风，但是内部的教派夺权斗争、和硕特独揽政教大权的野心都昭然在目。准噶尔与西藏对和硕特夹击的地理优势，五世**不会不在以后的权力争斗中加以利用的，所以培养噶尔丹成为一方势力将来对格鲁派的发展定会受益多多。
