湖广巡抚方孔炤，总兵官陈洪范、左良玉、袁继咸、贺人龙，副将张琮、刁明忠、杨世恩、罗万邦及督理太监刘元斌等高官参加阁部督师杨嗣昌之会。
杨嗣昌马上要会见这些巡抚、总兵、副将、监军、和十几位平日积有战功的参将了。传事官向杨大人躬身禀道：“方抚台同监军及各位将军已进了辕门，大人什么时候会见?”杨嗣昌闻报后说到：“马上就会见，请他们在中军大帐中稍候。”
全体文武大员由巡抚方孔炤率领，肃静地走进中军大帐，分两行坐下等候。他们根据官场习气，以为大概至少要等候半个时辰以上才能够看见杨嗣昌出来。没想到他们刚刚坐定，忽然听见一声传呼：“阁部督师大人驾到!”大家一惊，赶快起立，屏息无声。杨嗣昌身穿鱼鳞状软铠帅服，头戴一品武官红缨金盔，腰缠玉带，悬挂宝剑，率随从仪态潇洒地从中军大帐门囗走了出来。胡伏虎手持尚方宝剑，一幕僚手捧督师金印紧跟杨督师。在旁边是一百名亲兵卫士。杨督师在正中的虎皮金交椅上就座。金交椅前置已桌案，尚方宝剑、督师金印令箭等物已摆在桌案上。
杨督师命众将官落座。因为前天突然抓捕了前任督师熊文灿，众将怛颤心惊，不敢吱声。杨督师见状，说道：“诸位，不要担心。熊督师虽被解送京师，但我已为他上了一道辩解奏疏，谅无大碍。此事与诸位无涉。本督师召众位前来，是想会商一下当前的剿贼局势。诸位尽可畅所欲言。”
湖广巡抚方孔炤道：“贼处几省交界山区之中，惯于用马队突袭邻近州县城市。守土官吏防不胜防。中原地区已遍地狼烟。贼大体有十几股之多。并且贼首们互通声气，按资历和实力排了个十大反王。比如张献忠、罗汝才、惠登相、王国宁等贼首都已称王。这帮反贼首实在是无法无天，藐视朝廷和官军，为所欲为。对此等反贼非剿灭不可。”
总兵官陈洪范道：“贼首很多，以张献忠为祸最烈。他在中原地区混迹多年，当过响马贼，也当过官军，轻车熟路。他手下死士很多，手段无所不用其极。多处官吏和富户已遭其毒手。”
杨督师问道：“这时候，官军到哪里去了，不知道剿贼吗？”
总兵官左良玉道：“禀督师，是因为股贼骑马流窜极快。官军装备落后，骑兵很少。大部官军跑不过贼寇的马蹄子。况且，兵饷拖欠很久很多，士兵不肯用命。”
众将官又议论了很长时间才停。
接着，杨督师宣布决定道：“此次，我带来饷银30万两。先发清各营久饷，再赏酒摆席犒赏三军。又速令襄阳福王府、武昌楚王府、荆州汉王府和常德荣王府四处藩库各自速解15万两白银前来。巡抚知府县令守土有责，总兵副将参将游击剿贼有任。请巡抚知府回到各自辖地调度防守。我帐前听用的将官也只有十几位总兵副将参将。我立大本营于襄阳城外，欲遣将带兵进剿贼寇巢穴。各位将官，看谁能立下头功。我必上奏朝廷，杀贼的要受奖，立功的要升职。现今国乱当头，不定严律，令不能行。本督师宣布四斩命令，以即日起执行。有与贼寇勾结者，斩；有望风而弃城者，斩；有纵贼不进剿者，斩；有杀良冒功者，斩。”
最后，杨督师带领胡护卫及众将官检阅三军，发放军饷，赏酒摆席。众将全都感戴，军威士气大振。三军将士齐呼，皇上万岁，万岁，万岁。
翌日，杨督师帐下直属中军副将张琮、前军副将刁明忠率御林军一万人翻山九十里奔袭流寇贺一龙巢穴。正在肆意外出焚掠的流寇贺一龙部疏于防范，仓促应战,结果全线崩溃。是役，明军率先发起攻击，一轮弓箭火枪过后，击毙穿红袍逃跑之贼两人。而后流寇狂奔，明军也狂奔，一口气又奔了四十里，明军阵斩一千七百五十级。杨嗣昌大赏张琮、刁明忠所部将士。
在杨嗣昌的命令下,湖广巡抚方孔炤派遣杨世恩、罗万邦率部进剿罗汝才、惠登相。副将张琮、刁明忠率御林军配合杨世恩等部作战。不料，杨世恩、罗万邦所部官军中了义军埋伏，竟然全军覆没。张琮、刁明忠所部官军被义军追杀，张琮阵亡，刁明忠负伤。杨嗣昌闻报，勃然大怒。鉴于剿贼明军诸将已经生出了惰气，“骄玩无斗志”，又恰逢张献忠、罗汝才、惠登相等部流寇隐匿于郧阳、兴安山中，四出焚掠南漳、谷城、房、竹山、竹溪，所以杨嗣昌开始整肃军纪。他举起了大棒子，鞭笞了刁明忠，并将其部监军佥事殷大白斩首。方孔炤被杨嗣昌参劾逮送京师问罪。
这时军中谋士万元吉向杨阁部进言道：“我军士气方盛，兵马又多，按常理不应有此一败仗。此必是敌人细作打入我军之中，探得此次行军机密所致。我们不可不严防细作捣乱，尤其是襄阳大本营。”杨阁部闻言，点头称是。
万元吉又向杨阁部言道：“听说前军副将刁明忠被大人鞭笞后，郁郁寡欢，整日借酒浇愁，大人何不去劝慰一番。”杨阁部闻言，大呼万元吉乃真人才也，是当今的凤邹啊。
杨嗣昌听从了万元吉建议，认为襄阳为官军大本营，必须加强警备工作。随即他叫左右把严防贼寇细作的几百张告示拿出，全城各处张贴。这份告示内容是讲严防流寇进城捣乱，有报告贼踪者重奖，有知情不告者同罪。一时间，襄阳城各衙门的照壁上、十字街口、茶馆门外、城门囗，已经到处粘贴着这张告示，老百姓正在围观。
杨嗣昌回到大本营中军帐，同几个亲信幕僚研究了襄阳的城防问题，日头已经偏西了。他决定趁着天还不晚，亲自去看一看襄阳城内的市容，看一看是否有许多散兵游勇骚扰百姓，同时也听一听百姓舆论。幕僚们一听说他要微服出巡，纷纷劝阻。有的说恐怕街巷中的秩序不很好，出去多带人暗中护卫则不机密，少带人则不安全。但是杨嗣昌对大家摇头笑笑，回答说：“嗣昌受恩深重，奉命督师剿贼，原应鞠躬尽瘁，岂可害怕劳累。今日一定要亲自看看襄阳城内情形，使自己心中有数。”
他在家人服侍下脱去官服，换上一件临时找来的蓝色半旧圆领湖绉绿绵袍，腰系紫色丝绦，戴一顶七成新元青贡缎折角巾，前边缀着一块长方形轻碧汉玉。这是当时一般读书人和在野缙绅的普通打扮，在襄阳城中像这样打扮的人物很多。杨嗣昌随即带上几名校尉及杨伏虎等十几名卫士。他们悄悄地出了后角门，胡伏虎在前他在后。杨嗣昌和胡伏虎清秀白皙，仪表堂堂，顾盼有神，倒也像两个有身份的人。几名校尉及十几名卫士都作商人打扮，暗藏利刃，远远地在前后保护。
杨嗣昌走过几条街道，还走近西门看了一阵。他看见街道上人来人往，相当热闹。虽然自从他来到后已经在重要街口加派守卫，并有马步兵丁巡逻，但街上三教九流，形形色色，仍很混杂；有一条巷子里住的几乎全是妓女，倚门卖俏，同过往的行人挤眉弄眼；城门盘查不严，几乎是随便任人出进。这一切情形都使杨嗣昌很不满意。他想，襄阳是剿贼根本重地，竟然如此疏忽大意，剿贼安能成事!黄昏时候，杨嗣昌来到了襄阳府衙门前边，看见饭铺、茶馆和酒肆很多，十分热闹，各色人等越发混杂，还有不少散兵游勇和赌痞在这一带鬼混，而衙门的大门口没有守卫，二门口只有两个无精打采的士兵守卫，另外有两个吊儿郎当的衙役拿着水火棍。杨见襄阳防守如此忪懈，大吃一惊。回营后，他立即下令全城加强防守，夜晚全城戒严。闲杂人等一律不准走动，违者格杀勿论。
杨嗣昌又亲自去看望受罚的刁明忠，并好言劝慰一番。杨亲上奏折一道，专门报告刁明忠的英勇事迹和战绩。不久，前军副将刁明忠升任总兵职衔。只是，督师行辕大营中军副将一职尚属空缺。杨想到了此时已是挂副将衔的600亲兵统领胡伏虎。亲兵都是从各营中抽调而来的精兵，武功扎实。亲兵待遇如同锦衣卫，兵饷是普通兵士的二倍，各种供应是优先保证。亲兵个个披坚执锐，龙腾虎跃。每30名亲兵设1名小队长。小队长都是常德武陵县出来的小老乡，个个忠诚可靠。每5个小队设1名大队长。大队长经过了杨督师亲自挑选考察，个个身怀绝技，武艺高强，忠心报国。这4个大队的总首领就是亲兵统领胡伏虎。亲兵队伍在胡的统领下，屡建奇功，杨很赞赏。
现在，杨决定提拔胡为大营中军副将兼亲兵统领。胡除了统领那600亲兵外，要指挥中军那精锐的二千骑兵，并直辖一个300人的火器营。同时，杨决定提拔谋士万元吉为大营中军监军，官升三级。胡和万俩人感动的都要流泪了，知道身上责任重大，加紧操练中军队伍。一时间，中军军威最盛，勇冠三军。
崇祯十二年十一月，匪号“兴世王”的王国宁率众千人前来投降，杨嗣昌于襄阳受降，将其妻子安置于樊城。杨嗣昌上任以后，连败张献忠等起义军，官军一时声势大振。张献忠在兴安又被左良玉打得鼻青脸肿。在川陕交界的兴安、平利一带左良玉官军与张献忠遭遇。农民军受挫严重，张献忠妻妾被捕，16位农民军首要人物被害。为了进一步笼络官军将士人心，杨嗣昌上表保奏左良玉为平贼将军。崇祯十三年（1640年）初，督师杨嗣昌荐左良玉有“大将之才，兵亦可用”，拜为“平贼”将军。可以说左总兵对此应该是心怀感激的。杨嗣昌虽拜左良玉为“平贼”将军，但总觉得此人傲不可用。除明里督促约束左良玉外，又暗许陕西总兵贺人龙不久可取代左良玉的“平贼”将军职衔。张献忠在兴安被左良玉打得鼻青脸肿后，再次要求投降。杨嗣昌好歹明白了一回，不许，但招降了其党羽“托天王”常国安、“金驰鹏”刘希原。
张献忠在湖北无法立足，败走四川，“平贼”将军、总兵官左良玉率部尾随追击。这时杨嗣昌忽然下令左良玉停止追击即刻回兵。左将军竟然不听命令。崇祯十三年二月七日，左良玉所部合同陕西总兵贺人龙、副将李国奇二部于玛瑙山夹击张献忠，大获全胜。玛瑙山一战，官军阵斩贼寇三千六百二十级，其中包括贼首“扫地王”曹威，贼兵坠崖死者无数，“十反王”杨友贤投降。玛瑙山一战，贺人龙战功实际大于左良玉。只是因为左良玉比贺人龙官大，杨督师的报捷奏折一不小心把左列在了贺前面。左成了第一功臣，贺反倒成了第二。如此一来，屡屡不听杨督师帅令的左良玉，不但“平贼”将军官位稳稳地保住了，还得到朝廷的大量赏赐。
当月，崇祯皇帝念及杨嗣昌出师劳苦发饷银一万两劳军，另赐其本人斗牛衣、良马、金鞍各二套。颁赐使者尚未出京城，玛瑙山大捷的捷报便飞骑进京，龙颜大悦，再赐五万两白银，杨嗣昌叙功加太子少保衔。之后是明军一连串的胜利，最终的结果是，张献忠入川，罗汝才、小秦王东奔，一分为二。但在连战连捷的同时，明军的情况其实也并不乐观。北京兵、陕西兵、湖北兵皆因久居山谷堵截流寇，时值盛夏酷暑毒瘴熏灼，夜间逃亡的很多。明面上已经反了的流寇或降或死或散或亡。可又是大旱，又是颗粒无收，又是赤地千里，自然也就“人相食”，群盗蜂起遍地狼烟。大明帝国的臣民在饥饿的威胁和吏胥的追逼下，为残存的起义力量李自成、张献忠之辈提供了取之不尽的兵员储备。
阁部杨嗣昌督师襄阳一年时间小有成就——起义军著名首领混世王、小秦王相继投降。但杨的大错业也已埋下伏笔——罗汝才、张献忠再度入川并合兵攻陷四川荣昌、永川、泸州。此次流寇入川，明军剿匪诸将竟然无一敢于迎击，杨嗣昌尽自屡下严令也毫无效果。无奈之下他移师重庆亲自督剿，又是故技重施，只不过较之早先稍微高明了那么一点——下令宽赦罗汝才并且如其投降则授予官位，剿匪只针对张献忠，有擒斩张献忠者赏万金、封侯爵（这应该是请旨了的，他本人没有这个权力）。第二天，杨督师惊讶地发现重庆的大街小巷官衙乡野都贴满了张献忠的告示，“有斩督师献者，赉白金三钱”，杨嗣昌大怒，急令各部官军进剿。但是，左良玉拒不执行命令，贺人龙也推三阻四。
贺总兵不听话是有原因的：开始时，杨督师上表封左良玉为平贼将军后左总兵开始摆架子不听话了，杨督师便希望提拔贺人龙以压制、平衡左良玉，可能也把这个意思跟贺总兵透了风，但左良玉玛瑙山大破流寇后压左提贺的计划自然也就吹了。这样一来白白被吊起老高胃口的贺总兵自然不爽了，便把杨督师的话原封不动地端给了左总兵，俩人通了个气儿。结果就是杨嗣昌被毫无悬念地晾了起来，谁也指挥不动了。左良玉对杨嗣昌怀恨在心，在以后的川陕之战中，杨嗣昌命令左良玉堵截农民军，左良玉袖手旁观。杨嗣昌九檄左良玉，左良玉仍置之不理。杨嗣昌调派贺人龙，亦三檄不至。
