应该说，1949年前后，国家对未来科学体制的设想还是非常努力。竺可桢在参加会见苏联文化艺术科学工作者代表团时曾问及苏联科学院院士的选举情况，政权接收过程中，比较早地考虑到了未来中国科学体制的制度设计。当时建立院士制度是高层和知识精英共同的理想，作为向院士制度过渡的一种设想，建立学部是一种临时选择。1955年5月31日学部成立前一天的预备会上，郭沫若说：“科学院应该以院士、通讯院士为基础的，中央已交给我们建立院士制度、学位制度的任务了……正式的科学院需要等院士大会选出院长、副院长及主席团，学部委员会是产生院士的基础。”[16]
1955年2月12日，科学院在给周恩来和陈毅的一封信中认为，对于原中央研究院的院士，中国科学院成立时没有承认，现在承认这些院士，他们不知该采取什么态度。信中说：“如果我们采取‘宁缺毋滥’的方针，则有许多资历老而学术上有错误或没有成就者，如陶孟和、马寅初、冯友兰等人就势必被淘汰，这样做不利于团结也不利于当前的工作；如果把现在大陆的1948年选的院士都承认下来，再另增加一批新院士，则对比之下人选就势必太多太滥，如选择不当反而会造成新的纠纷。”[17]所以他们建议，先以“学部联席会议和院务委员会”的组织作为正式建立院士制度以前的过渡形式。
陈毅在学部成立后的一次学部联席会议上特别强调：“我们科学院现在也是先搞学部，再过渡到院士制度，选举院长，从由下而上，再由上而下。也有一个办法是先搞一批院士，选举院长，再搞学部，由上而下，这样最不得人心。”[18]
据武衡回忆，1953年中国科学院代表团访问苏联回国后，把科学院作为国家最高学术机关的思想为科学家和领导共同接受，因此建立新院士制度成为科学家酝酿的话题。武衡说：“但是在新中国成立不久，科学家的思想尚待改造的情况下，把科学院作为院士的组织，以院士大会作为最高权力机关，就意味着脱离党的领导，难以保证按照社会主义的方向前进，难以适应社会主义建设的需要，甚至有人认为科学家们主张搞院士制就是向党‘夺权’。”[19]对比陈毅的说法，说明当时把学部作为向院士制度过渡的主要考虑还是出于对科学家不信任。
按当时的设想，学部的过渡期大约是一到三年，而1957年以后，这个工作实际上就停止了。但在当时的构想里学部就不是一个纯粹的学术机构，而是一个领导机构。科学院在学部成立后的一个总结报告中明确指出：“至于院士制度实行后，学部委员制度仍可并行不悖，因学部委员的团结面比院士更加广泛，对团结全国科学家和沟通科学院与各部门之间的关系以及推动科学事业的发展都是有利的。”[20]可以说，学部不是一个纯粹的学术机构。
学部建立中一个值得肯定的思路，是它保留了原中央研究院制度中包括人文科学的理念。郭沫若在中国科学院刚刚组建时的一次茶话会上特别强调：“我们所了解的科学是包含着自然科学和社会科学。”[21]但在哲学社会科学的学部委员产生中，政治介入学术表现得特别严重。
在自然科学的学部委员中，1948年中央研究院的院士，凡是没有离开的，除极少数人外，都成了学部委员。在离开的院士（赴美、赴台）中，有十人是人文组的院士，也就是说，当年离开的院士主要是人文组的院士。
比较一下就会发现，原中央研究院和中国科学院学部在组成的理念上完全不同。对此，科学院学部成立大会上通过的总决议中说得很清楚，就是要“进一步学习苏联和各人民民主国家先进科学”。[22]当时出席学部成立大会的有苏联科学院副院长巴尔金、苏联驻华大使尤金和波兰科学院副院长维尔茨皮斯基。
原中央研究院人文组的院士是二十八人，过了五年时间，中国科学院哲学社会科学学部委员就成了六十一人，是过去的两倍多。除了时代转换以外，学术并没有发展，而学部委员的人数却在激增。但仔细观察就会发现，学部委员名单中除了人数增加以外，更重要的是强化了人文学科的意识形态色彩。原中央研究院人文组院士的构成中，除了顾及各学科的专业水平以外，一个明显的特点是法学家在人文组院士中有较大比例，有王世杰、王宠惠、周鲠生、钱端升四位院士。到了学部委员时，这四位法学家中（王世杰、王宠惠去台湾），因为1955年中国已取消了法学和社会学，留下来的周鲠生、钱端升都没有成为学部委员。当时余嘉锡、梁思永已逝世，老辈学者张元济、柳诒徵可能是因为年龄关系没有成为学问部委员，还有一个就是顾颉刚。
1955年学部成立的时间离批判胡适运动开始还不到半年时间，过去和胡适关系较近的学者已没有可能成为学部委员。作为一个研究古史的学者，顾颉刚的专业与政治的关系并不紧密，但因为他过去和胡适的关系，再加上在科学院历史研究所和尹达个人的关系不好，所以被排斥在外。他在日记中说：“近来批判胡适历史学、考据学的文字中，常常牵到我和《古史辨》，因此，我在今天会上说个明白。”[23]由于顾颉刚在批判胡适的考据学时，曾说考据学是反封建的，“闻者大哗，对予抨击”。
学部委员中没有法学家，隐含着对法学和社会学的基本评价。取消这两个学科的深层意义，诚如布尔迪厄所说：“社会科学即便仅仅描述事实与效果，即使仅仅揭示某些机制（例如制造Symbolique暴力的机制），它产生的效果也具有批判性。因此社会学的存在本身便是无法容忍的。任何专制政体从一开始便取缔社会学。他们要求的是实用社会学，这种社会学有助于调解矛盾和冲突，有助于使统治合理化。”[24]
原中央研究院人文组二十八名院士的构成，从教育背景上看，留学欧美的十九人，有博士学位的十三人，有硕士学位的三人，其余三人不详。有六人没有出国受西式教育，其中四人是前清科举中出来的（进士、举人、廪生各一人，一人不详），另外二人是国立大学本科或研究所毕业的。
哲学社会科学学部的主体是延安知识分子，多数来自延安中央研究院，以陈伯达、胡乔木、周扬、艾思奇、胡绳、范文澜、尹达、张如心为代表。
学部委员比过去院士最大的特点是高度意识形态化，当时负责意识形态部门的主要官员都是学部委员，如陈伯达、胡乔木、胡绳、邓拓、茅盾、周扬、冯定等，据说当时中宣部部长陆定一本来也在名单上，是他主动放弃了。
学部委员与院士本来就是同时代人，1948年没有当选院士，不是因为他们的政治态度，而是出于学术原因。还有一个特点就是学部的权力在行政人员手中，竺可桢对此就很不理解，他在日记中说：“学部即有二百三十三位专家，应为最高权力机关，为何组织章程草案第十条院务委员会最高权力机关许多统是行政人员，而院务常委会中行政人员的成分更大。”[25]
郭沫若在学部成立大会上的开幕词中说，这是“为中国科学院进一步建立院士制度准备了条件”，可以理解为这是一个过渡性的选择。原中央研究院从蔡元培手里建立，到1948年选出第一届院士已经过去了二十年，从研究院的评议会到选出院士，本来已经完成了在中国建立院士制度的准备，而且以1948年中央研究院院士的选举为标志，已经成功地开创了中国的院士制度。重新选择由学部过渡，说明对1948年的院士制度是否定的。
三 陈寅恪问题
1955年学部委员选举中，陈寅恪的当选有一定的特殊性。陈寅恪当选学部委员，与毛泽东有关。据张稼夫回忆，对于学部委员的选举，“自然科学部门并不感到困难，比较难的是社会科学部门。社会科学这个部门定学位没有个明确的标准，特别是科学院党内的一些同志，没有多少社会科学的著作。但他搞的工作是社会科学，他们在实际工作中能够运用辩证唯物主义和历史唯物主义，能讲马克思主义理论，就是来不及写多少文章和不会著书立说，其中有一些人也有不少著作，这些人不进学部也不大合理。实事求是地办吧，后来还是在这些同志中定了一批学部委员。在这个工作中，矛盾最尖锐的是研究隋唐五代史的历史学家陈寅恪，他是这个学科的权威人士，不选进学部委员会不行，他下边一班人也会有意见。若选他进学部委员会，他却又一再申明他不信仰马克思主义。我们只好请示毛主席，毛主席批示：‘要选上。’这样，陈寅恪就进了哲学社会科学的学部委员会”。[26]
这个回忆，证之后来的一些材料，应该说是准确的。在这一点上，应当说毛泽东和***对此也有很开明的认识。
杨尚昆在他的日记中曾提道：“对于科学院的领导工作，政治局表示不满。对学部委员名单，少奇同志指出必须十分慎重，要真是在学术上有地位的人；共产党员的安排亦必须是有学术贡献的，不能凭资格和地位，党派去在科学机关服务的人则不能以学者资格出现，要老老实实为科学服务。共产党员不能靠党的资格作院士。”[27]
当时在操作层面的是延安知识分子，这些人负责具体工作，他们往往比高层更“左”倾。他们自己基本处理不好学术和政治的关系。如果按毛泽东和***的意思，那些当时在政治上有问题的学者，本来是可以顺利成为学部委员的，但实际情况却不是这样。延安知识分子在新意识形态建立的过程中，常常以宁左勿右的态度行事。
从张稼夫的回忆中，仍可以判断出当时对学者的基本评价标准。陈寅恪的当选，也算是特例。以当时的标准，陈寅恪是没有资格当选的，因为他不相信马列。毛泽东说了话，才有后来的结果。可见，是政治高于学术。而1948年的院士选举，却是学术超越政治。特别是对郭沫若的当选，当年董作宾在给胡适的一封信中，明确说过在考古学院士人选中他愿放弃，而愿提郭沫若，他特别强调“沫若是院外人，以昭大公”。
中央研究院院士的选举工作主要是胡适、傅斯年与陶孟和负责的。当时傅斯年给胡适写过一封信，从信中可以了解中央研究院院士的选举工作的进行情况：
适之先生：
话说天下大乱，还要院举院士，去年我就说，这事问题甚多，弄不好，可把中央研究院弄垮台，大家不听，今天只有竭力办得它公正、像样，不太集中，以免为祸算了。
日前开会商量应该在提名中不忘了外名单（不必即日举出，此会尽力，不能包办也），想南方人士，而不可多得，兹将当日所写之名单送上一看，但请千万秘密。有涉人文组者：
（一）人文组与社会科学平等数目，殊不公。因前者在中国比后者发达也。孟和原单标准低减后人士，我看人文方面非有二十人不可，分配如下：
中国文学 四 史学 六 考古及美术史 四 语 三 哲 三。
我个人觉得以上单子，可如下分配：
中国文学 ①吴②胡 以上关系文学风气者
③杨树达 经籍考定
④张元济 古本流传□□不能专就百衲本定，因此者校勘记并未刊行也
史学 ①陈②陈③傅④顾颉刚
⑤蒋廷黻 近代史尚无第二人
⑥余嘉锡或柳诒徵 柳不如余□□□以不如余大
考古及美术史 ①李济②董作宾③郭沫若④梁思成
哲学 汤 金 冯
语言 赵 李 罗
此似乎为最少之人数，乞先生考虑，下次开会时此一总得名额不可少于二十（如此则社会科目只有十四）。
以上陈寅恪、李济、赵元任、董作宾、傅斯年五人为本所职员，似在此不便提名，拟请北大提出如何？
（二）其他部门我们学校人数不多（清华多得多），亦得有其理由，然我们为求公道起见，不可不注意，理学院饶、江、吴、杨、孙似不可落选，亦请先生届时留意。
（三）北大要提出一个名单，不能专写名字，须照格式填，写作原件附寄。
（四）提名不可太少，亦不必太多。北大可先由各学院自报，最后先生审定寄此也。
馀后陈
专颂 道安
六月廿日[28]
作为人文学者，傅斯年对自己的学科有所偏爱，对于史语所的人员也较看重。还有因为他是北大出身，很在意北大和清华之间的比较，他希望北大至少要和清华差不多。这些都是傅斯年的私心，这在任何选举当中都是难免的。不过规则并没有破坏，傅斯年在信中还说，史语所的职员是不能由他们史语所提名的，他只好请胡适以北大名义提名。
原中央研究院院士的选举并非完美无缺，当时的知识分子也不是清高到了不在意这样的选举，胡适在日记中就说过唐兰如何想让他提名的事。但现在看来，那次的院士选举大体上是公正的。
四 胡先骕问题
1955年学部成立时，在自然科学家中，胡先骕是原中央研究院院士中极个别没有成为学部委员的一个（除离开大陆和去世的）。1948年中央研究院院士是在此前几届评议委员会委员的基础上选出的，就是说，评议会委员到1948年选举院士时，都当选为院士。1935年，胡先骕四十二岁时就是中央研究院评议会的委员，他在中国生物学界有很高的威望。胡先骕最终没有成为学部委员。1955年胡先骕落选，1957年再次落选。一种科学体制出于非学术的原因把第一流的科学家排斥在外，这是值得深思的。
