在台湾，财团法人形态的基金会，主要就是依靠基金的利息来运作。台湾民间各类型的基金会不下数百个，但真正能长期运作发挥功效的寥寥可数，除了当局全力赞助的或财团自己成立的基金会外，大部分的基金会都后继无力。究其原因，就是缺钱，因为有限的基金利息除了勉强支付一两位会务人员的薪水外，根本没有余力可以办理任何公益活动。
海基会成立前，台湾当局为其确定的筹资方针是“两条腿走路”，一是由当局逐年编列预算作为“政府捐助”，二是向工商界和传播界募捐。据说，向民间募捐一事，是董事长辜振甫亲自操办的。
海基会成立前，“行政院”曾同意逐年编列数亿元预算作为基金。但在整个筹备期间，当局没有拨给一分钱。直到成立那天，“行政院”才认捐新台币5亿2千万元，工商业界、传播界及学术文教界则认捐新台币1亿5千万元，共计新台币6亿7千万元作为中介团体初期运作之基金。但是，从海基会成立以后相当长一段时间，人们看到，有些单位或个人的捐款承诺并未兑现。甚至少数董事当初承诺的金额，也未兑现，海基会也不便向他们开口要钱。
由于“行政院”逐渐缩减编列预算，民间企业受经济不景气影响，拒绝再捐助，海基会为求生存不得不铤而走险。
为了维持海基会的不小的开销，身为台湾股票交易所创始人的辜振甫领导的海基会，决定玩玩股票。1994年12月，从基金中抽出3亿元，委托国民党企业“中华开发”操作股票，希望能透过专家的操盘，赚取一些额外的收入以自给自足。岂料钱才放入股市，股票指数就直线下跌，一年多时间，竟亏损6千多万元。海基会急忙在1996年“总统”大选前，改换委托“元大投顾”来操作，才逐渐扳回老本。
除了经费问题困扰着海基会外，寻觅办公地也是费尽周折。
海基会1990年11月成立时，仪式为什么要在“行政院”大楼开而没有搞得更有声势一点？为什么来年还要搞个挂牌仪式？这是因为其成立时，还没有找到合适的办公地点。
海基会挂牌前，依旧在筹备时期由陈长文租用的临时办公地点——台塑大楼10楼理律法律事务所的一隅办公。这么个小小的蜗居，如何铺张得了？
后来，海基会租下了台塑大楼10楼的半层约八百多坪（约合2650平方米）的空间作为会址。这地方原来是外贸协会的大本营，在一场大火之后，协会搬迁到现在基隆路的世贸大楼。一家汽车代理商在这里租下一小块地方办公，他们迁出之后，海基会得以从1990年12月15日开始重新隔间装潢，将其改造成自己的办公场所，1991年元月底工程完工，海基会随即进驻。
但是，这还不是海基会最后的家，因为这里的风水不好。
1993年12月2日继任海基会秘书长的焦仁和据说非常相信风水，他认为海基会在台塑大楼的办公地风水不好。任职不到1年，他便下令搬家，海基会最后迁到了台北市民生东路三段的宏泰大楼。不过，当时有人发牢骚说，搬到新地方后，秘书长、副秘书长的办公室面积扩大不小，但其他工作人员的办公室则没有变化。
“莆田车祸事件”、“三保警事件”：海基会出师告捷
海基会正式成立后，与大陆第一次接触，是处理“莆田车祸事件”。
正因为是第一次，这次行动备受各界瞩目。
1991年3月27日，台湾高雄县甲仙乡龙凤寺莆田湄洲进香团一行56人，分乘两辆大巴由厦门前往湄洲。晚上9时途经涵江市红旗闸时，其中一辆巴士因司机疏忽，在转弯不慎坠落河里，造成19人死亡、6人轻伤的惨剧。
莆田车祸发生后，台“陆委会”立刻召集“观光局”、“入出境管理局”、红十字总会以及海基会等单位，会商如何协助罹难者家属前往大陆处理善后。
会议决定，派海基会旅行服务处副处长蔡金美，台北市旅行同业会理事长陈瑶池，率领罹难者家属前往厦门处理后事。陈瑶池曾参与处理1990年10月广州白云机场爆炸事件，有着丰富的谈判交涉经验。
1990年10月2日，一架厦门航空公司的波音737-200型2510号飞机8301航班，于6时57分从厦门飞往广州。在飞行途中，被一名歹徒劫持，要求飞往台湾。但是飞机驾驶员不从，佯装飞台，实际向南飞去。到达广东后，飞机油量表告警，于9点04分在广州白云机场紧急降落。飞机滑行过程中，歹徒发现上当，对驾驶员施以暴力，致使飞机失控，接连撞上停在停机坪上的两架飞机，一架是南方航空的波音757型2812号客机，另一架是西南航空的波音707型2402号客机。机上只有一名机组人员，头部受伤。事后统计，厦航的B737-2510号飞机上有75名乘客遇难，18名受伤，机组7人遇难；南航的B757-2812号飞机上有46名乘客遇难，机组人员安然无恙；西南航空的B707-2402号飞机上只有一名机组人员，头部受伤。在这次事故中，总共128人遇难。伤亡者中有外国人和港、澳、台同胞。三架飞机则全部报废。
8301客机驾驶舱内有两具尸体，其中一具为该机机长员岑龙裕；另一具尸体的衣袋中发现的未烧毁的中华人民共和国居民身份证证实，其为劫机者，姓名为蒋小峰，男，1969年8月11日出生，湖南临澧人。尸检后并未在其身上发现爆炸物。蒋小峰是湖南省临澧县物资局开发公司驻长沙采购站采购员。1988年9月曾因盗窃罪被捕，1990年7月13日，蒋小峰以采购为名骗取所在单位临澧县物资局开发公司1.7万元人民币后潜逃，湖南省临澧县检察院证实蒋小峰是一名逃犯。
当时，台北市旅行同业会理事长陈瑶池，则参加了两岸有关协商活动。
话说回来，1991年3月30日中午，蔡金美等一行人出发，经香港转机，于当晚19点30分抵达厦门市。办理落地签证后，一行人立刻与大陆方面的“3·27交通事故善后小组”会商善后事宜。
协商一直到隔日凌晨3时，双方没有达成协议，争议的焦点是遗体回台的问题，即是否运回台湾，及如何运回台湾等。经过第二天上午8点半及当天下午3时的第二、三次会商，双方最后达成协议：大陆方面同意将用飞机运送遗体回台湾。运送过程也相当顺利。
报载，1991年3月8日晚，台保安警察第七总队一艘巡逻艇在台湾北部彭佳屿附近海面，抓获涉嫌走私的福建省“闽平渔5069”号渔船，3名台湾警员周宪光、程起、赵宏瞻跳到大陆渔船上押解。返回台湾本岛台北县（现新北市）淡水港途中，这艘台湾巡逻艇又发现另一艘船只可疑，便靠上去检查。“闽平渔5069”号船长见有机可乘，便迅速开足马力，掉头逃脱。尚在“闽平渔5069”号上的3名台湾警员遂与大陆船员发生冲突，周宪光在扭打过程中开枪，击中大陆渔民林武，致使其伤重而亡。大陆船员缴下3名保警的枪支，将台湾三名保警押回大陆报案。“闽平渔5069”号将包括周宪光在内的3名台湾警员被送交福建省平潭县人民检察院。这一事件被称为“三保警事件”，轰动一时，特别是台湾各界高度关注。
关于此事件，台湾当局正式说法是，台方保七总队的3位警员在棉花屿附近海域执行走私缉查时，与大陆渔船“闽平渔5069”号发生冲突，被带至福建平潭。
台湾当局表示，此案系突发事件，不必将此事政治化，并决定采取“低调处理”。
“陆委会”对处理此事件拟定了方案。
大陆方面是如何处理的？
台湾据方案马上提出派红会人员前来大陆探视，大陆方面立即同意。台红会副秘书长常松茂探视返回后，台“陆委会”指派海基会秘书长陈长文，仍以台红十字会秘书长的身份，赴大陆洽商此案。
福建省平潭县人民检察院经过查询，以事实为依据，以法律为准绳，从两岸关系发展的大局出发，对“三保警案”作出处理：台方人员周宪光开枪造成渔民伤亡，构成故意伤害（致死）罪。但周宪光的行为属防卫过当，且认定周宪光在开枪后积极参与抢救受害者，根据法律规定，决定对周免予以起诉，但周需负民事赔偿责任。大陆方面还诚挚邀请台湾有关方面前来处理。
可见，海峡两岸鉴于当时良好的气氛，都愿意此事能平安落幕，以维护大局。
陈长文以台湾红十字会总会秘书长身份于3月27日到达北京，与大陆红十字总会展开了6天5夜的磋商。行前，“行政院长”郝柏村特别向“总统”李登辉作了报告，得到李的首肯。郝柏村嘱咐陈长文说：“两岸关系很重要”，意思显然是希望他能灵活处理，不要坏了大局。由于两岸双方都有共同的愿望，因此，双方商谈基本顺利。争议的焦点主要是周宪光的遣返方式。台湾方面提出，由于台湾警员的身份并非两岸“金门协议”的遣返对象，因应经由第三地香港，送返台湾。大陆方面最早主张根据“金门协议”，循海上路线送回。后来这个问题也解决了。同时，台湾方面坚持，不同时带回三名保警就不离开大陆。
4月3日，周宪光与作为证人滞留大陆的台方警员程起、赵宏瞻在陈长文陪同下，从福建省会福州乘飞机经香港抵台北，历时26天的“三保警事件”画上比较圆满的句号。通过这个事件的处理，两岸民众不但没有增添隔阂，反而密切了感情。
陈长文在大陆期间，正好与正在厦门协商“莆田车祸事件”的蔡金美一行同在一省。为了慰问部下，陈长文一行3月30日晚特意从北京飞抵厦门，与蔡一行见了面。
对“三保警”案的顺利解决，在岛内引起良好反响。
台湾当局表示欣慰。时任“新闻局长”邵玉铭发表谈话，称这一事件的顺利处理，有助于两岸关系发展，并加速“政府”把海峡两岸关系放在固定的管道来处理。
