尚之信在三藩之乱中发动兵变取代其父尚可喜，并协同吴三桂反清。后尚之信又降清，袭平南亲王爵，加封太子太保，听命于中央，于南方剿抚贼寇，基本上扫平两广境内吴三桂余部。康熙十九年，康熙帝以尚之信为人残暴跋扈反复无常，不可留之，令其自尽，年52岁。
吴三桂为了自己当皇帝，不惜生灵涂炭，起兵云南，终落得昙花一现。康熙十七年秋天，一代枭雄吴三桂在衡州病死。清朝张茂稷《读史偶感》总结吴三桂一生十分到位：“李陵心事久风尘，三十年来讵卧薪？复楚未能先覆楚，帝秦何必又亡秦。丹心早为红颜改，青史难宽白发人。永夜角声应不寐，那堪思子又思亲。”
吴三桂病死后，其孙吴世璠继承帝位。国内形势陡变，清军趁机发动全面进攻。从此叛军一蹶不振，湖南、四川、广西、贵州、等地逐步为清军攻陷。但吴部马宝、胡国柱等叛军仍困兽犹斗，拼死抵抗。康熙二十年十月，清军围攻云南省城昆明。吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
吴三桂称帝后的「大周」政权铸造了一批「昭武通宝」及「利用通宝」钱币，两钱并行，流通范围仅在湖南、贵州、云南等部分地区。清政府平乱后，严禁「昭武通宝」，下令一律收缴，因而「昭武通宝」绝大多数被付之一炬。
一代名妓陈圆圆，系吴三桂的宠妾。吴三桂“冲冠一怒为红颜”，引清兵入关。于是这个弱女子被历史推向了前台，成为改朝换代的关键人物，颇受世人关注。陈圆圆晚年瓢泊何方，魂归何处，众说纷纭。有的说她死于松江（今上海），有的说她归根苏州（古称吴门），但这只是传说。
更多的人说她死于昆明归化寺，那里有她的衣冠冢。陈圆圆因年老色衰，加之与吴三桂正妻不谐，且吴三桂另有宠姬数人，于是日渐失宠，遂辞宫入道，布衣蔬食，礼佛以毕此生。一代红妆从此铅华洗尽，归于寂寞,老死禅林。正因为是衣冠冢，难免使人产生更多的怀疑。陈圆圆魂归何处，成为几百年来的一大悬案。
康熙二十年十月，康熙皇帝得到昆明收复三藩平定的奏报，龙心大悦。皇帝提笔赋了一首名叫“滇平”的诗：“洱海昆池道路难，捷书夜半到长安。未矜干羽三苗格，乍喜征输六诏宽。天末远收金马隘，军中新解铁衣寒。回思几载焦劳意，此日方同万国欢。”
随着三藩的平定，收复台湾的时机也成熟了。当时，福建总督姚启圣上书力主乘胜收复台湾。康熙采纳大学士明珠的意见，决定对台湾郑氏先行招抚，若招抚不成再用武力。当时郑氏政权已无恢复明室的可能，只想保住在台湾割据的局面。他们在与清朝的谈判中，多次要求“不剃发”，“世守台湾”。如果清政府同意郑氏的要求，台湾这块自古以来的中国领土，就会从祖国分割出去。康熙帝在遣使与郑氏代表谈判中许诺，如郑氏归顺清朝，则可“保境息民”，仍在台湾居住，但郑氏必须成为清朝臣民，台湾是中国领土不可分割的一部分。台湾方面显然对此没有兴趣。
在和谈“招抚”努力无效后，康熙帝决定以武力收复台湾。在施琅的同乡大学士李光地的极力举荐下，康熙帝召见了已年届花甲的施琅。施琅再次向康熙帝详细阐述了如何训练水师、如何利用风向变化等具体方略。康熙听后十分满意，任命他为福建水师提督加太子少保，令其即赴前线，操练水师，待机进取台湾。
施琅，祖籍福建省**市龙湖镇衙口。早年，他是郑芝龙的部将，1646年(顺治三年)随郑芝龙降清。由于郑成功的招揽，入海加入郑成功的抗清队伍，成为郑成功部下最为年少、知兵、善战的得力骁将。施琅1651年随郑下广东南澳勤王。后因与郑战略“舍水就陆，以剽掠筹集军饷”的做法提出反对意见，郑成功很不高兴，削施兵权，令施琅以闲假人员返回厦门，时遇清军马得功偷袭厦门，守厦主将郑芝莞惊慌弃城溃逃，时施琅亲率身边六十余人主动抵抗，勇不可挡，杀死清军马得功弟，马得功差点被活擒，率残兵败将仓惶逃离厦门。
时在南澳的郑成功见军心动摇，继续南下已不可能，只好回师厦门。郑召集抵抗将领一概重赏，唯独对“假回闲员”施琅奋勇抗敌只字未提，只赏纹银二百了事，先前施琅左先锋兵权也未恢复其职，个中诸多缘由引起施对郑不满情绪，恰在此时，施琅一位亲兵曾德犯了死罪而逃匿于郑成功处，并被提拔为亲随。施琅抓回曾德，准备治罪。郑闻讯急派人传达命令，施琅不得杀曾德。施琅曰：“法令，琅是不敢违背的，犯法的人怎能逃脱责任？”接着他下令杀了曾德。施琅杀犯法亲兵曾德再次触怒了郑成功，由此施郑矛盾升级，郑遂下令逮捕施琅父子三人。后来，施琅用计逃脱，郑成功大怒即杀施父大宣及其弟施显。
施琅被迫降清，先任同安副将，继任同安总兵，1662年升任福建水师提督，后来赋闲京城十多年。施琅仍然矢志复台报仇，实现自己的意愿。在京之日，他注视福建沿海动向，悉心研究风潮信候，“日夜磨心熟筹”，以俟朝廷起用海霹雳施琅1682年（康熙二十一年）10月，施琅终于在李光地等大臣的力荐下，复任福建水师提督之职，加太子少保衔。
由于福建前线存在着姚启圣和施琅军政两套班子，行动起来难免相互掣肘。施琅一到厦门，立即上书要求“专征”台湾，即在军事指挥方面享有独自决策权。在其意见被否决后，施琅又执意坚持再次上书。康熙帝虽然认为为人臣者不应如此“妄奏”，但他还是网开一面，把施琅的意见交诸大臣讨论。讨论中，明珠赞成施琅的意见，主张“着施琅一人进兵似乎可行”，康熙也随即表示同意明珠意见，令“施琅相机自行进剿”。
康熙批准“专征”使施琅大受鼓舞，上任以后，施琅积极训练水师，督造战船，选拔将领，全心筹措征台计划。康熙二十二年六月十四日(1683年7月8日)，施琅率领水兵2万余人，大型战船300余艘，中小战船230余艘，从福建铜山(今东山)海域扬帆起程，一路乘风破浪，锋芒直指台湾的战略前哨澎湖列岛。澎湖一战，清军先后焚毁、击沉和俘获台军大小船只近200艘，杀死台军将领、头目300余名，士兵12000余名，另有165员将领和4800名士兵倒戈投降。刘国轩只是仰仗地形熟悉，才从水浅礁险的吼门岛屿乘水涨风顺之时，带领31艘小船逃回台湾。此役，清军阵亡官兵329人，负伤1800余人，船只毫无损失。
此后，施琅又一面加紧军事行动，一面对占据台湾的郑氏集团施以招抚。在施琅大军压境之下，郑克塽茫然的说：“人心风鹤，守则有变；士卒疮痍，战则难料。还是应当请降，以免今后追悔莫及。”郑克塽毕竟是聪明的，听从了刘国轩的劝告。施琅率领舟师到达台湾，郑克塽、刘国轩等带领文武官员军前往迎接。
康熙二十二年八月十三日，靖海将军福建水师提督施琅疏报：“师入台湾，郑克塽率其属官刘国轩等迎降，台湾平。”康熙皇帝恰好在这年中秋节得到台湾平定的奏报，又一次龙心大悦。皇帝提笔赋诗一首“中秋夜喜闻海上捷音”：“万里扶桑早挂弓，水犀军指岛门空。来庭岂为修文德，柔远初非黩武功。牙帐受降秋色外，羽林奏捷月明中。海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同。”
康熙皇帝诏赐郑克塽、刘国轩封爵，封施琅为靖海侯。康熙“解所御龙袍敕赐，亲制褒章嘉许”，并封施琅为靖海侯，世袭罔替，令其永镇福建水师，“锁钥天南”，并特准在澎湖大山屿妈宫城内及台南城内样仔林街建生祠，称为“施将军祠”。
清军攻下澎湖以后，有人向施琅进言：“公与郑氏三世仇，今郑氏釜中鱼、笼中鸟也，何不急扑灭之以雪前冤？”施琅却说：“吾此行上为国、下为民耳。若其衔璧来归，当即赦之，毋苦我父老子弟幸矣！何私之与有？”他还向郑氏手下的人声明，“断不报仇！当日杀吾父者已死，与他人不相干。不特台湾人不杀，即郑家肯降，吾亦不杀。今日之事，君事也，吾敢报私怨乎？”
施琅率清军进驻台湾后，果然不计前嫌，冷静处理国事与家仇的关系，不但没有诛杀一人，而且还到郑成功庙祭拜，肯定了郑成功开发台湾的贡献，与郑克塽等人“握手开诚，矢不宿怨”。他疏请减轻台民的赋税负担，妥善安置归降的郑氏官兵。
施琅收复台湾后，在清廷内部产生了一场对台湾的弃留之争。许多大臣对台湾的战略地位缺乏认识，竟然认为“日费天府金钱于无益，不若徙其人而空其地”。大臣中主张守台者只有姚启圣和施琅等少数人。在《恭陈台湾弃留疏》中，施琅力陈台湾战略地位之重要性：台湾“乃江、浙、闽、粤四省之左护”，“台湾一地，虽属外岛，实关四省之要害”，“弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉”。施琅对西方殖民者觊觎台湾多年的情况有所了解，认为“红毛”(西方殖民者)“无时不在涎贪，亦必乘隙以图”，如果一旦让其占有台湾，必定会以台湾作为基地，利用“精壮坚大”的战舰进犯大陆沿海，“此乃种祸后来，沿海诸省断难晏然无虞”，国家安全和领土完整将会受到严重威胁。
在随后的几次奏陈中，施琅还指出：台湾土地肥沃，物产丰富，交通发达，弃之未免可惜；“耕桑并耦，鱼盐滋生”，满山遍野种植有各种竹木，“一切日用之需，无所不有”。还盛产木棉，“经织不乏”，“舟帆四达，丝缕踵至”，怎能拱手送人？由于施琅力主保留台湾，最终促成清政府在1684年设台湾府，隶属福建省，驻兵1万戍守。
