燕王朱棣于建文三年春，再次出兵南犯。临行前，亲自撰写祭文，哭奠阵亡将士张玉等人，并烧掉自己的战袍，赏赐阴魂。众人无不感激涕零。燕王见人心振奋，当即整兵来到保定，与诸将商议下一步的作战计划。邱福等人说攻打定州，燕王却说不如攻打德州。于是移兵向东而去。途中接到密报，说盛庸已经夹河驻兵。燕王便带着三名骑兵，去看盛庸的阵势。盛庸见燕王掠阵而过，急忙派一千骑兵追赶。燕王连发数箭，射倒追来的五六个人，加鞭逃脱。没过多久，又带着一万多名步兵，来攻打盛庸。盛庸拥兵防守，燕王令壮士们用长矛上前钩盾。两下牵扯的时候，燕军乘机攻入。这时燕将朱能率铁骑前来接应，燕王让他一马当先，自己从小路绕出，去袭击南军的背后。南军没料到后面又有一军杀来，顿时措手不及，败下阵来。这时天色已晚，两边收兵回营。燕王检点将士，死伤也很多；再加上损失了大将谭渊，不禁悲愤交加，竟带着十几名骑兵，直逼盛庸的大营，就在人家营前露宿了一晚。
到了天亮，四面全部围着盛庸的兵马，左右请燕王突围。燕王谈笑自若。等到日出，才招集骑兵，从容上马，穿营而去。盛庸的将士们面面相觑，连一支箭都不敢发，任他来去自如。第二天再次接仗，苦战一日，互有伤亡。两军都觉疲惫，正准备鸣金收兵。忽然东北风大起，遮天蔽日，飞沙走石，咫尺间不见人影。燕军处在上风的方向，麾兵大进。庸军正想休息，哪禁得住燕军再次冲杀过来，全部不战而逃。燕军乘风追赶，来到滹沱河口，只见淹死的南军不计其数。盛庸退到德州，将打了败仗的消息据实上奏。
建文帝听到警报，吓得心惊肉跳。这时，方孝孺上奏道：“燕兵背负叛乱的大名已经很久，马上就是酷暑，一定会不战自败。如今之计，还是令辽东诸将入山海关攻打永平，真定诸将渡过卢沟桥直捣北平，我用大兵压后，一定不难擒住燕王。现在就假装赦免他的罪状，他班师退兵，往返需要几个月，途中难免军心动摇。到时候再进兵去攻打，马上就可以荡平了。”建文帝连声称好，马上派大理寺少卿薛岩带着诏书前去。诏书还没带到，燕王已经攻下藁城、顺德、广平等地，气焰越来越盛。
大理寺少卿薛岩带着诏书赶往燕营。燕王读完诏书之后，生气地对薛岩说：“你临行前，皇上对你说什么了？”薛岩说：“皇上有旨，殿下早晨卸甲，朝廷傍晚就班师。”燕王笑着说：“这话连三岁的小孩都骗不了，还要拿来骗我？”薛岩顿时浑身战栗，一言不发。燕将纷纷请燕王诛杀薛岩。燕王说：“两国相争，不斩来使，你们不要胡说！”接着命人带薛岩参观军营，只见戈矛旗鼓，遮天蔽日，相接起来有一百多里，吓得薛岩汗流浃背，局促不安。燕王将他留了几天，告别的时候对他讲：“替我转告天子，我的父亲是天子的爷爷，天子的父亲是我的同胞兄弟。我身为藩王，已经享尽荣华富贵，还有何指望？况且天子待我不薄，只因奸臣一再诬陷，才酿成今天的局面。我为了自己的身家性命，不得已发兵南下，如今蒙诏罢兵，不胜感恩戴德。但奸臣尚在，大军未还。我军心存疑惑，不肯退散，还望皇上立即诛杀奸臣，遣散各军，我愿带着儿子到朝中请罪，恭候皇上处治。”薛岩唯唯听命，燕王又命人送他出境。
薛岩沿途不敢逗留，几天就回到京城。方孝孺先和他见了面，详细盘问。薛岩把燕王的话复述了一遍，方孝孺低头不语。等到建文帝召见，薛岩又将燕王的话重复，并说燕军实力强大，不容易攻破。建文帝对方孝孺说：“果真如此的话，那是朝廷的不对。”方孝孺说：“陛下派人宣谕燕王，怎么反被燕王说服？”建文帝犹豫不决。
后来吴杰、平安等人收集残兵败将，截断了北平的粮道。燕王不免有些担忧。于是派指挥武胜到京城上报，说朝廷已经答应罢兵，盛庸等人却一直不撤，并且断绝北平的粮道，显然是违抗圣旨，请从严惩办。建文帝看过之后，颇有罢兵的意思，对方孝孺说：“燕王是孝康皇帝的同胞兄弟，是朕的亲叔父，如果逼他太甚，怎么对得起宗庙的神灵？”方孝孺说：“陛下真想罢兵吗？罢兵之后，再想聚集可就难了。如果他长驱进犯该怎么办？陛下还是不要被他蒙骗，速速诛杀武胜，与他决绝。到时候士气一振，定会大胜而归。”建文帝又相信了方孝孺，将武胜打入锦衣狱。
燕王听到消息后大怒。随后马上派遣都指挥李远等人率轻骑六千多人，改换南军的衣甲，混入济宁、谷亭一带，与南军混在一起，乘机纵火，把南军囤积的粮饷，付之一炬。燕将邱福、薛禄合兵破济州城，派兵偷袭沛县，又放起一把火，将南军的几万艘粮船一齐烧毁，所有的军资器械也都化成了灰。这些消息传到京城，建文帝大为震惊。盛庸因粮道不通，焦躁异常，当即邀请大同守将房昭引兵进入紫荆关，据住易州的西水寨，窥探北平。平安也从真定出兵，准备向北平进击。燕王那时人在大名，于是派遣将领朱能等人截击平安，自己则带领大军去攻房昭。房昭被困多日，向真定求援。真定发兵相救，被燕王设伏杀败。房昭势穷援绝，只得弃寨西逃。平安在半路被朱能杀败，逃回真定。
建文帝屡屡听到失败的消息，无计可施。忽然想起太祖临终前，曾经嘱托过梅殷，要他辅佐幼主。建文帝当即召他入朝，商议军事。梅殷奉旨后也不推辞，出军镇守淮安，募集淮安的民兵，号称有四十万大军，防守燕军。建文帝又命徐辉祖支援山东。徐辉祖星夜前行，来到小河，听说都督何福与燕军交战大获全胜，平安转战北阪也杀败了燕军，心中非常宽慰。马上驱众来到齐眉山，与何福合兵，再次与燕军厮杀。后来，燕将李斌冲锋陷阵，被冷箭射中马头，马倒地后被擒杀。燕军非常气馁，随即溃散。燕将王真、陈文也全部战死。燕王退到几十里之外，才安营扎寨。众将都因屡次战败，请求暂时退兵休养。燕王说：“兵事有进无退，稍稍有点失败，怎么能擅自退回？你们只顾目前，不顾长远吗？”说完，又下令军中：“想渡河北归的请站在左边，否则站在右边。”将士们大多站在左边。燕王大声说：“你们既然不愿南行，就请自便吧！”言语之中透露着不满。朱能站出来调和：“汉高祖十战九败还能得到天下，我军胜多败少，怎么能轻易退兵呢？”将士们这才不再多说。燕王担心会有兵变，好几天晚上衣不解甲，不能安睡。
这消息传出来之后，南军相互庆贺。京城里的一班大臣，都说燕军将要逃走，京城不能没有良将镇守，应该将魏国公召回来。建文帝于是下诏召回徐辉祖。徐辉祖回京后，何福势单力孤。燕王又派朱荣、刘江等人率骑兵截击南军的粮道。何福支撑不住，只得到灵璧扎营。平安要将粮食运到何福大营，带了六万人马护卫，快到灵璧的时候，不料燕军忽然冲出来夺粮。平安慌忙抵抗，杀了半天也不能退敌，反被敌人把队伍截断。正在这危急关头，何福带兵前来支援，与平安合击燕军，燕王马上麾军退下。
平安、何福二人以为燕军已经退走，可以不用担心了。于是慢慢押着粮车，往灵璧大营走去。约莫走了几里，天色暗淡下来，暮霭沉沉，野景苍茫，前面丛林错杂，只能看见黑压压的一团，辨不出什么枝干。各军只管放心过去，猛然间听到呼哨四起，战鼓轰鸣，林间杀出千军万马，冲断南军。首当其冲的统将不是别人，正是燕王的次子朱高煦。南军已经疲惫，哪禁得住这支生力军的劫杀？况且又不知道对方有多少人马，于是兵刃还没接上，就已经肝胆俱裂。平安、何福还想拼死抵抗，谁知后面又来了燕王的大军，眼看着不能抵抗，只好夺路而逃。等到达灵璧，不但粮食全丢了，而且损失了一万多士兵、三千匹战马。众人相对无言，只好勉强闭寨拒守。
当晚，不见燕军进攻。只是营中的粮食已经吃完，大家一番商议之后，决定转移到淮河。何福下令军中，在第二天夜里，以放炮三声为号，一齐拔营。众将得令之后，好不容易挨过一天，晚饭以后，各军收拾妥当，专等炮声响起。一会儿，听到外面炮声接连三响，正好与号令相合。于是一齐开门，走出营外。谁知四面八方竟全都是燕军！
