适高杰兵扰扬州，士民奔避江南，奸民乘机剽敓；廷议以先生尝按吴、有威望，遂推往宣谕。初八日，命下；次日，行。抵句容，闻吴城昼闭；先生露布郡邑，言「国已有长君，今奉命安抚」。吴人闻先生复临，皆惊喜相告。时天久不雨，先生至，即步祷赤日中，雨大沛；人呼为「军门雨」。抵京口，即设先帝后位，集绅士哭临；并以「江北固守，中原无寇」播告所属，出见难民，多方安辑。次日，大集郡人，遍询地方疾苦，释狱囚之可矜者数十人。至丹阳，宣诏，首举忠孝大义；且榜于途曰：『叛逆不可名，忠义不可矜；有借锄逆以逞私怨、借勤王以聚匪徒者，法必诛，毋赦』！时械乱民至，立斩三人。抵宜兴，士民焚香迎数十里，先生停车慰劳之。入县，枭逆奴数人以徇。所至宣布赦文，甄别有司贤否；于是诸邑倡乱者皆敛迹。
王既称号后，迁先生大理寺丞，擢右佥都御史，转苏松督。疏辞，请终安抚事；遂巡抚江南。及抵苏州，合属迎谒；首以「忘身乃保身、忘家乃保家」二语谕之。苏州诸生以其乡少詹事项煜等从贼，作檄致讨；奸民和之，焚劫煜与大理寺正钱位坤、通政司参议宋学礼、礼部员外郎汤有庆四家，荡洗无遗。先生置首乱者于法。常熟乱民亦以时敏从贼，焚毁其三代四棺之未葬者；先生斩三人、鞭死数人，乱始定。因上言请将从逆诸臣议罪，使士庶无所藉口，则焚掠之徒可加等治；王允其请。嘉定令恃虚名狂恣，遽斥之；松江别驾朱某贪纵，庭褫其冠，禁之狱：人大快。嘉定华生拷奴酷，遂激变；各大姓奴同时起，缚主杖之，踞坐索身券，或杀、或辱。所至数万人，百里内如沸。先生密发标兵，授苏道方略，悉擒之，斩凶首数十人，磔尸；令曰：『故主乞哀者贷死』！于是诸奴亲属皆膝行搏颡主庭，愿纳券，服役如初。
六月二十三日，抵苏松巡抚任。疏言：『国难方张，贼仇未复；皇上为乾坤再造之主，微臣有股肱三辅之任。以地形，则负海枕江；以民力，则三空四尽；以习俗，则士嚣民顽；以吏治，则文恬武嬉：整顿最难，补苴无策。臣于此不敢自有其身家，惟与士民共身家；不敢自有其性命，惟与将吏共性命。夫身家尚不自有，又何有货贿！性命尚不自有，又何有情面！此臣剖心沥血之诚，可矢诸天日者也。惟是赋才既庸，具识复闇；军旅未习，学问未深。共济必藉夫贤才，固圉必资其劲旅；凡请补将吏、调济军需，自当勉图其所急，要非旧贯之可拘。倘不稍宽文法，恐难转布微诚；如掣肘之未除，纵鞠躬而无补。伏乞言无微而不收，事有呼而必应；庶涓埃可效，而驽力可勉也』。疏入，识者以为切中当时情事。
有吴遵者，谋不轨，禁之县狱；每言愿见先生，有所陈而死；为先生所拒，不得见，则以吴昌时往来密札，令其子献之朝。先生命县令索毁之，曰：『吾不为已甚也』。
二十八日，出誓师，以上下名分激励将帅；每一出语，涕泪横流，将士呼声动地。召募兵勇，中上格者为冲锋兵，得百人；次为选锋标兵，得五百人；有绝力而知兵法者拔为亲将，得二十人：一时壁垒为南兵之冠。
诏设厂卫缉事官，先生上言：『洪武初，官民有犯，或收系锦衣卫，当事者因非法凌虐；高皇帝乃于二十年焚其刑具，送囚刑部：是祖制原无诏狱也。后乃以罗织为事，虽朝廷爪牙，实权奸鹰狗；举朝尽知其枉，而法司无敢雪。惨酷等来、周，平反无徐、杜：此诏狱之弊也。洪武十五年，改仪銮司为锦衣卫，专掌直驾等事，未尝令缉事也。永乐间，诏立东厂，始开告密门。无籍凶徒，投为厮役。赤手钜万，飞诬遍及；善良招承，出于私拷：怨愤满乎京畿。欲绝苞苴，而苞苴弥盛；欲清奸宄，而奸宄益多：此缉事之弊也。若夫刑不上大夫，祖宗忠厚立国之本。及逆瑾用事，始去衣受杖；刑章不归司败，扑责多及直臣。本无可杀之罪，乃蒙必死之刑；血溅玉堦、肉飞金陛，班行削色，气短神摇。即恤录随颁，已魂惊骨散矣！朝廷徒受愎谏之名，天下反归忠直之誉：此廷杖之弊也』。疏奏，大学士姜曰广拟俞旨，群奄共挠之；曰广抗疏力争曰：『缉事不除，宗社且不可知，何厂卫之有』！乃命改归五城御史随时体访。
督辅史公可法部将陈可立、刘肇基、张应梦、于永绶驻京口，浙江入卫都司黄之奎亦部水陆兵三、四千戍其地。之奎驭军严；四将兵恣横，刃伤民，浙兵缚而投之江，遂有隙。已而守备李大开统浙兵斫镇兵马，镇兵遂与相击，射杀大开；乱兵大焚掠，死者四百人，民财罄尽。先生疾至，而永绶等已遁去。先生劾治四将罪，有旨命四将赴可法军前听核；不能罪也。先生行视被难家，賙恤备至；民咸悦。四镇欲寄家江南、开藩江北，以地富饶，且可避北骑。先生至京口，调诸路防兵，抚台浙溃卒；每撤舆从，杂诸将中阅地方要害，沿口百里周设营寨，旬日军声大振。四镇惮先生威，以书通问。先生报书，感以大义；自是，无一卒渡江内扰者。
初，兴平兵攫丹阳市钱，浙兵勤王者不平，斗而伤，军民大噪，城闭。先生率所募军驰至，斩兴平兵。兴平伯高杰方据瓜洲，最号跋扈；夙惮先生威。至是，忌之；扬言且移兵丹阳以哃先生。先生却以牒，复约会杰于大观楼；楼在瓜步，杰谓先生必不至。至期，风雨大作，杰笑曰：『祁抚不至有辞矣』！顷之，先生从隔江扬帆破浪，顷刻达岸，挝鼓入。杰闻之，大骇；衷甲出迎。及门，见先生角巾单衣，携胥、隶各一人；又大喜，遽挥卫士去，劳且拜，坐语久之。先生披肝膈，勉以忠义，共奖王室；杰叹曰：『公钜人也！杰阅人多矣；如公，杰甘为死！公一日在吴，杰一日遵公约』。因指江誓曰：『敢越尺寸以溷公者，有如此江』！亟呼置酒；先生以国变辞，遂共饭而别。初，先生将行，或谋伏兵金山、或谋以勇士充胥吏为备；先生并笑谢焉。
尝设笥于辕门，书曰：『直言规本院者，投左笥；悉心议利弊者，投右笥』。日收数十通，摘可采者汇为书。尤喜招礼贤士，于署左设馆；客至，起居、服膳悉以官董之。疏言：『三吴财赋甲天下，纷丝缕结。自先臣周忱创立平米法，归并杂项名目，百姓便之。此后再造「经赋册」、「赋役全书」皆因其法，而酌斟捐益，最为详明。近则舞文去籍，侵侔万端。其弊在税徭增减，官民不相闻、上下不相晓；奸胥恣其侵欺，顽户因而拖欠。况今西北陷没，财赋皆取给东南，供输非旧贯可守。如一起解也，有改北为南者、改本为折者；一存留也，有改设取为额派者、改东府为西府者。且或蠲、或减、或加、或裁，种种多绪。旧兵、新兵额饷，尤须早计。其要在定「经赋册」、编「易知单」，然非专官开局，不能清整。臣请委官设局，取四府赋役、会计等册，为纲为目、为经为纬，一切责成裁定，刊刻成书；再请本地贤臣共相讲求，必图至当。臣非不乐因循、好为多事，诚以琴瑟不调，必解弦而更张；则此地此时，有必不容已者也』。王览疏，遽报可。
十二月，先生引疾归。抚吴半载，军务倥偬；日则延见将吏、夜则批阅公牍，漏下三十刻方就寝，未明即起。每不暇食，食亦不时。当监国时，先生尝荐用吴公甡；后吴抚晋，发巡方张孙振贪墨，坐辟。及寇变，张逃至南都，夤入台班，憾吴并及先生。阮大钺，阉党也；诸生顾杲尝为文斥之走。先生聘杲入礼贤馆，阮亦衔之。刘公念台尝疏参马士英，马以先生为刘同里，交契且久，寓丹阳，因疑先生实与闻；抚吴又无所遗赂，嗾其私人朱统〈金奥〉疏纠先生。而丹徒张捷居里时，恨先生接待之疏；时方为吏部，与孙振并希指诬劾先生阻登极议、贰于潞藩。适先生疏革厂卫，诸奸又怂恿宗室无赖疏斥先生谋蔽耳目。先生皆不与辨，引疾愈力，且疏辞定策功所陞都察院右副都御史；得旨：『回籍调理』——实十二月十五日也。行李萧然，将士号泣攀挽，几不得行。二十一日，至浙，过家门不入；拏小舟，见兄季超于云门山舍。除夕，始还。
