1943年夏季，第五十八空军联队的招募工作在堪萨斯州盐水湖附近的斯莫基希尔集中开展，沃尔夫于11月把总部搬到了这里。计划开始取得成效了——至少在课堂上是如此。沃尔夫要求队员们不仅要应付繁重的学习任务，还要有能力在另一方面也擅长。炮手们必须掌握“超级堡垒”强大的武器系统并且知道如何维持新型复杂计算机化的火力控制体系。他们也要像电工和发动机机修工那样了解飞机四处的通路。轰炸手需要学习导航的入门知识，反过来也是如此。无线电报务员则要求了解雷达的工作方式。
在一架B-29上最苛刻的任务中的一个是由随机工程师来完成的。他的责任是监控莱特发动机的性能，并检查飞机所有的水压与电压系统。单独掌握该工作的细节就可能需要花费将近一年的时间去学习。同时，如果驾驶员和副驾驶员出现伤亡，要求工程师知道紧要关头如何驾驶飞机。
然而，学习飞行的机会却很少。当地面学校取得一定进展的时候，飞行训练却苦于缺少飞机。第五十八队只有一架B-29，并且还由于过度飞行经常需要修理。在1943年剩下的时间里，整个队从来没超过一打飞机。只好通过安排B-17作类似飞行训练，因为B-17拥有B-29的部分特性，可以作长途、高海拔飞行。但是，在一个重要的方面，“飞行堡垒”甚至无法履行作为一件代替品的职能。B-29的设计上有一个新型三点式起落架——双翼下两套轮子，第三个在前端——这一点和B-17没什么相似，后者在尾部有短小的第三个轮子。B-29起落架在着陆的时候支撑飞机前端并保持机身平衡，需要完全和B-17不同的着陆技术，后者降落时尾部低于前端。
“马丁”B-26中型轰炸机有一个类似于“超级堡垒”的三点式起落架，利用其来训练B-29飞行员着陆是再好不过的了。然而，事实证明这个主意很糟糕。B-26是马里兰马丁工厂生产的早期样机。飞行员们管他们叫“巴尔的摩妓女”，因为这些飞机没有明显的支撑手段；机翼非常短小，着陆速度过快。一些飞机着陆时撞毁，机上人员遇难。
当飞行员们真正有机会飞行一架新型B-29的时候，他们发现这经历让人兴奋、放松。驾驶员座舱位于飞机的前端，由26块多种形状的树脂玻璃窗格组成，既让人高兴也让人困惑。
机长詹姆士·帕蒂略，在1943年10月第一次爬进飞行员左侧的座位，被眼前的场景吓了一大跳，前面巨大的空间以及他从来没在任何一架飞机上期望发现的上方的可视性。但是，帕蒂略发现：在驾驶室左侧坐着向外看又是一个角度；他还发现，由于一些玻璃窗格，受形状及曲率影响的光学效果，扭曲了他对前方的观察，使他很难判断出着陆的距离。在一次着陆尝试中，由其空军中队指挥官中校詹姆斯·B.埃德蒙森陪同，埃德蒙森坐在驾驶员座舱检查帕蒂略的飞行表现，这次帕蒂略让那些玻璃给愚弄了。他错误判断了地面的距离，飞机下落了50英尺掉在混凝土上。碰撞仅仅震松了轰炸手火炮瞄准器的控制插座，但是这确实是一场事故，帕蒂略担心他要被送回到训练学校去了。可是，他的指挥官什么也没说，在第二次试飞的时候帕蒂略毫不费力地着陆了。
在堪萨斯州的斯莫基希尔基地的一间模拟高空的实验室里，当其他新兵在等候自己的任务的时候，一名炮手用火炮瞄准器练习。B-29机群采用的压力舱在正常条件下不需要使用氧气罩，但是，在训练机组成员准备紧急丧失空气压力的时候要戴着氧气罩。
对于帕蒂略以及其他初学B-29的飞行员们来说，着陆中一个普遍存在的问题就是，飞机在着地前似乎倾向于偏离跑道中心线左倾。帕蒂略最终认定，错误是自己造成的，不是飞机的原因。他推断，坐在驾驶室特别偏左的地方，束缚了通过驾驶室观察到地面的距离，毫无意识地把右翼抬起来一点，导致飞机向左偏。
因为只能得到几架“超级堡垒”——并且用的又是不可信赖的“飓风R-3350”发动机——训练的飞行员们不得不极度小心。空军中队指挥官埃德蒙森严格命令，“根据书上写的飞行。不许玩耍。记住，B-29还没像B-17那样得到公认。把它留着给日本人”。
飞行员们被明令禁止尝试使用三台发动机起飞，这种方式在训练中有时候承担检验飞机反应的作用。这样动力不足的起飞对于飞机来说是相当危险的，这是因为发动机没有充分运转，容易停止工作——这会带来灾难性的后果，尤其是当有一个与空闲发动机同侧的发动机关闭的时候。一天当帕蒂略在斯莫基希尔的控制塔值班的时候，他有个朋友，是训练计划中最有经验的飞行员，因为违背操作规则而死去了。这架飞机用三台发动机起飞，在离开地面以前飞机在跑道上运转了超长距离；然后，飞机一进入空中，就偏向右转。倾斜弯度达到35度——并且仍在偏转——飞机停下来，冲向地面爆炸了。当与有意关掉的发动机同侧的另一个发动机停止工作的时候，需要重新启动该发动机但是它已经因为太冷而不能启动了，末日随即到来。
帕蒂略认为自己能在斯莫基希尔之前一个月就能在B-29上飞行25个小时真的是很幸运了，他的众多同事只得到了18个小时的时间。到1944年1月底，就在阿诺德规定的从中国起飞的最后期限前仅仅一个月，斯莫基希尔基地只毕业了70名B-29飞行员。
到目前为止“超级堡垒”终于在一定规范下开始离开生产线，但是，它们仍然只是名义上完整的飞机。1943年10月，终于决定飞机完成以前冻结设计工作并先照顾迫切需要的修正工作。修正中心设立在德克萨斯州的凯利基地，主要在堪萨斯州的普拉特、沃克和斯莫基希尔、玛丽埃塔的贝尔工厂以及奥马哈的马丁工厂里。但是，在每一架飞机上都要进行如此众多的改变，以致这些中心发现这几乎是不可能完成的任务，计划陷入一片混乱中。
美国有一些有能力重建秩序的人。1944年2月初冬至晚上2点钟，少校维克托·阿加瑟——B-29项目组成员，从事发动机起火问题的研究——被来自于莱特基地总部的电话惊醒了。电话另一端是他的上司，上校埃里克·纳尔逊。“维克，准备出发吧，”纳尔逊说道，“带着所有B-29系列号和需要进行的修改名单，马上去萨莱纳。”一架飞机正整装待命带这位少校去执行任务。
阿加瑟接下来的五个昼夜都是在堪萨斯州萨莱纳的普拉特机场度过的，记录那里的每一架B-29的各种情况。他手里拿着名单，飞到维契托从波音公司的生产线上强行拖走了400名专家。这些人一经挑选出来，他就立即赶回机场飞到普拉特，另找人去他家告知家里人情况并给他带几件衣服。
回到普拉特，阿加瑟在B-29内的被拉来的专家旁边工作，直到几乎所有的专家都遍体油污，精疲力竭。一次，一名机修工爬进阿加瑟正在工作的飞机，告诉他有一个来访的将军在飞机外面，希望与少校说几句话。
阿加瑟说：“如果他想和我说话，告诉他爬上来。”过了好一会，他向窗外看，他的话正转达给一名穿着干净制服的官员。当那名将军转身怒气冲冲的走开后，阿加瑟不知道他的邀请被视为极不尊重。他很快得知来访者宣称阿加瑟不服从命令，威胁他要上军事法庭。然而，阿加瑟的任务高于一般的军事协议，因此他躲过了调查。
对于阿加瑟小组以及其他类似的小组所付出的全部努力来说，修正工作以令人难以忍受的速度进行着。一个障碍就是缺少维修装备。只在普拉特机场就有100架飞机的发动机需要改装，但是普拉特的仓库却没有把发动机送进送出引擎机舱的传动装置。有人记起装有滑轮和轱辘的机动脚手架——叫做发动机吊索——在宾夕法尼亚州的伊利可以找得到。阿加瑟征用了一架民航机，转移了乘客，飞机飞到伊利，在那里焊接工们把笨重的吊索切成几部分，小到足以装载在乘客座位上方。在普拉特，其他的焊接工们再把吊索装回在一起。就这样发动机完成了改装。
簇新的B-29飞机不断产生问题。零件丢失，重新安装零件十分困难，因为原厂订单已经在许多小型公司中取消了。在所需要的零件可以订购和安装以前还要追踪记录，查出哪一家转包商生产哪一部分。不仅如此，设计上的变更数量大而且匆忙，导致设计变化随着装配线的移动不断进入生产样机中——致使每一架飞机都与前一架有些许不同。值得一提的是轰炸机布线上的混乱，每一架飞机上的布线都是一个单独的秘密，只有顺着个别线找，画出新的布线图的时候才能拆开。
