在构图、主题、色调、布料的悬挂、衣着的细节，以及圣母头发复杂的编织手法等方面，拉斐尔都按照达·芬奇的范例来画。画作中的深色调和复杂的光线—— 在画中人物不是由从窗户射进的日光照亮而是由外部人造的光源照亮，也是受达·芬奇画作启发，当然也与荷兰绘画的风格有一定关系。拉斐尔注意搜集画中轶事的细节和大环境背景，以便更好地叙述画中的故事，比如通过窗户看到的风景等（这与达·芬奇强调人物身体和情感的互动形成对比）。达·芬奇画人物，也从15世纪雕刻或其他画家那里得到过灵感，尤其是佛罗伦萨“纯真甜美派”的倡导者如德西德廖?达?赛蒂尼亚诺（Desiderio da Settignano，1430—1464）—— 他擅长表现女人和孩子张开嘴唇欢欣的样子。而拉斐尔似乎将雕像放在心中并开始重新审视达·芬奇的人物群像，“纠正”了达·芬奇过大的婴儿并将人物空间位置画得更准确（将圣母大腿作为基点使基督没有滑下来的危险），清晰地定义了四肢和所有手指和脚趾的轮廓。
从《粉红色的圣母》开始，拉斐尔试验了新的颜色搭配。这种特色在后来的画作，包括《圣凯萨琳》和在巴格里奥尼的《基督下葬》 中都体现出来。圣母蓝色斗篷纯洁亮丽的色彩（先用蓝铜做底色然后覆盖深蓝色）和斗篷的金黄的镶边，都与她裙子温和的灰紫色和袖子上稍稍刺眼的绿黄色产生了对比（尽管有黑色颜料的地方经常掉色，并且选择蓝铜而非深蓝色使颜色看起来很温和）。
拉斐尔创作了很多小型和中型的圣母作品。他的想象力极其丰富，在作品的草稿上可以想出很多不同的构图方法。有些作品，如1505年的《圣母子》，1505年至1506年的《庄严圣母》（The Madonna del Granduca，1504 ），以及1507年的《圣母子》，都显示出圣母子不同寻常的温柔和亲密—— 圣母捧着、爱抚着或亲密地抱着赤裸的婴孩，婴孩则向她伸出手或备感安慰地待在她的怀抱中。其他作品如奥尔良（Orleans）和科罗娜的圣母中，她还准备为婴孩哺乳。拉斐尔的画作以其空前的自然和优雅深深地影响了宗教画，而他主题快速的变化也显示当时社会对他这种类型作品的需求很旺盛。
作为一个意义深远的描绘活动着的赤裸男性力量的作品，米开朗基罗的《卡希纳之战》是达·芬奇的《安吉亚里战役》的有力对手。除了西纽雷利在奥尔维耶托的壁画（米开朗基罗很佩服这幅作品），没人曾尝试以如此大的尺度来描绘裸体人物。瓦萨里把米开朗基罗的画作称做“艺术家的学校”，在众多学习这类独特的画作的画家中单独提到了拉斐尔。瓦萨里就被这种主题的暴力、人物的肌肉、透视的复杂性和多变的姿势震撼。为了判断在1505年至1506年已确定时代的画作的主旨，拉斐尔在米开朗基罗前往罗马之前在奥洛菲的代尔医院找到了他。
拉斐尔在米开朗基罗的影响下，在受佩鲁吉诺影响后又向前迈了一步。研究了米开朗基罗两个在圆形设计上很有造诣的大理石浮雕作品—— 圣母子与圣婴时期的圣约翰之后，拉斐尔学会了完全意义上的圆形构图，在《棕榈树下的圣家族》（Holy Family with the Palm ）、后来的《阿尔巴圣母》（Alba Madonna ）和另一个最接近米开朗基罗精神的最成功的作品《椅中圣母》（The Madonna della Sedia ）中运用了此法。对这些雕塑的研究，使拉斐尔学会怎样让笔下的人物生动地彼此进行互动；而模仿雕塑表面光与影的落差，使他学会怎样在二维画板上创造出更有说服力的幻象。他甚至做了一个试探性的试验，将米开朗基罗两个浮雕作品的元素混合在一起，在《仁慈》（Charity ）的圆形饰物中模仿巴格里奥尼《基督下葬》中浮雕式灰色装饰的雕塑，创造了一个讽刺性的被吮吸乳汁的圣婴困扰的人物形象。
拉斐尔也认真研究了米开朗基罗当时在佛罗伦萨所作的一些独立的大理石雕像，包括于1504年5月安置在韦奇奥宫入口巨大的大卫像，在1504年至1506年8月为亚历山大·穆斯克龙（Alexander Mouscron）所绘的位于布鲁日圣母（BrugesNotre Dame）教堂的《圣母子》，在1506年雕刻出的佛罗伦萨大教堂的《圣马修》。拉斐尔根据自己的构思，改变了米开朗基罗画作中的一些人物，在《大卫》中将人物过大的手和头部改成实物大小，在另一幅画作中将一个人物的位置提前，使人物更生动。他在1507年为巴格里奥尼的《基督下葬》所绘的画作，显示他开始对相互作用的动态裸体人物进行研究，以使画作更有活力和纪念性。
到达罗马后，拉斐尔才开始设计相对于米开朗基罗作品更复杂的多人物的画作，从其对《圣礼的辩论》《屠杀无辜者》（The Disputa and the Massacre of theInnocents ）的习作可见。米开朗基罗渐渐对拉斐尔借用他的想法，在伟大作品中栩栩如生地表现出来的能力感到愤怒：“他所有的艺术都是从我这里得到的。”这种抱怨没有公正对待拉斐尔从很多不同来源吸收素材的创造性。
米开朗基罗从未真正参加《卡希纳之战》壁画的绘制工作，但留给佛罗伦萨一个他作为画家的杰出样本—— 为阿格诺罗·东尼（Agnolo Doni）所绘的《圣家族》。后来，拉斐尔也为东尼及其妻画了肖像画。米开朗基罗灵巧地将他的人物契合在了圆形浮雕的版面上（玛丽和约瑟夫缠绕的臂膀和圆形的版面相辉映），使其二维作品产生了三维的效果：在圣母的手臂越过肩膀向后伸向她的婴孩的画面中，对圣母左臂和右膝的透视画法使圣母跃然于画板上。拉斐尔在巴格里奥尼的《基督下葬》中用圣母蜷曲的姿态来描写了三个支撑昏厥的圣母的玛丽丝，与此前《前往受难地》祭坛画中简单的画面形成强烈对比。
米开朗基罗喜欢在作品中画出明显的光影对比，《东尼》浮雕中夸张的高光就是塑造醒目强大幻象的关键。但也使他的色彩鲜艳得很不自然，西斯廷礼拜堂的天花板的清洗就证明这个弊端。拉斐尔从未在明暗对比上要求自己达到这位雕刻家的程度，而更倾向于通过色彩和色调和谐的搭配来保持画面的整体感。瓦萨里曾表扬拉斐尔，认为他很好地认识自己的天赋和局限性，知道“绘画不只是描绘裸体”。拉斐尔从未因为人物本身而将各种人物都填充到作品中，而米开朗基罗就莫名其妙地在《东尼》浮雕中央绘制了一群裸体人物。拉斐尔对画的整体感有很强的感觉，他常常仔细地保持人物和环境的连续性。此外，作为一名天资极高的建筑师，他可以用空间来清楚表达或强调某些叙事性的元素，而米开朗基罗虽然也涉猎建筑设计，却没有在画作中对建筑有所关注。
拉斐尔除了显示出对米开朗基罗在佛罗伦萨作品的了解，其画作也显示他对米开朗基罗制图法的研究。因此，尽管后来他们之间存有敌意，米开朗基罗在拉斐尔死后隐喻地控告拉斐尔的剽窃，对他表示出轻蔑，但两位画家在那个时期还是有过一段友谊的。
拉斐尔在佛罗伦萨有很广的交际圈。其中之一就是天才画家兼制图师弗拉·巴托洛米奥（Fra Bartolomeo，1472—1517）—— 为了成为一名天主教会修士，于1500年放弃职业—— 在拉斐尔初次到达这个城市之后才重新开始艺术活动。作为一名画家，他和拉斐尔一样代表了达·芬奇和米开朗基罗革新之间的中间派。这位修士保持着很多绘画传统，包括他与马里奥托·阿尔贝提奈利合作经营的、拉斐尔可以与之联系的画室。拉斐尔很喜欢阿尔贝提奈利对色彩的处理及混合方式，经常与他联系，希望可以学习这位修士的绘画方式。
阿尔贝提奈利在准备画作品中重要的人物之前，都要用黑粉笔对画布做细致描画，再用白粉笔加强标记，其中非常温和的明暗过渡，创造出了一种飘渺的效果。拉斐尔移居罗马后，仍坚持运用这些技巧，开始以大比例设计人物作品。
实际上拉斐尔在署名室（Stanza della Segnatura）所绘的第一个壁画作品——《圣礼的辩论》，就是参照阿尔贝提奈利为圣玛利亚医院设计的《末日审判》（创作始于1499—1500年，当其正式成为修士后完成）来创作的。拉斐尔对这幅作品的仰慕，可在其大量的圣塞维罗壁画草稿中对三位一体旁边的圣人的安排上体现出来。而弗拉·巴托洛米奥自我感知的灵性，可在他很多私人的、教堂的宗教画中体现出来，其作品能使观者感知神的世界中极度的欢欣。拉斐尔从巴托洛米奥处学到的将画作赋予快乐的方法，后来大量运用在其罗马的作品中，例如《弗利诺圣母》（Madonna di Foligno ）。
巴托洛米奥和拉斐尔都很注意对背景的描绘—— 拉斐尔最初受佩鲁吉诺影响。这位修士在托斯卡纳乡村对露天建筑和风景的新颖而有感染力的习作，启迪了拉斐尔，从这时起，拉斐尔将风景画得更加自然了。拉斐尔可能还把巴托洛米奥的一些作品（或他所绘作品的复制品）带到了罗马，因为《圣礼的辩论》的背景就是以巴托洛米奥一幅作品中的背景为基础的。甚至在拉斐尔接触这位修士之前，他就将真实的地方景色运用在画作的背景中（《基督受难》中的台伯河谷和《安西帝圣母》中对佩鲁贾的鸟瞰），还在后来的作品中也继续运用了这一方法（可见华盛顿的《圣母子》中从乌尔比诺对圣贝纳迪诺的鸟瞰）。
拉斐尔的同龄朋友还有利多弗尔·吉兰达约（Ridolfo Ghirlandaio，1483—1561）和巴斯提亚诺·达·桑迦洛（Bastiano da Sangallo，1481—1551）。他们跟拉斐尔一样，都是古老的绘画家族的后裔（利多弗尔是著名画家多米尼克·吉兰达约之子；巴斯提亚诺是朱利亚诺·达·桑迦洛之侄，也是佩鲁吉诺的学徒，拉斐尔第一次见到他时可能是在佛罗伦萨佩鲁吉诺的画室）。三人都被瓦萨里列在“学习过米开朗基罗画作的画家”的名单，其中巴斯提亚诺最明显。利多弗尔擅长画祭坛画和肖像画，拉斐尔离开佛罗伦萨时曾靠他照料自己未完成的作品（就像拉斐尔离开佩鲁贾时，多米尼科·阿尔法尼和波尔托·乔瓦尼也曾帮助他一样），而利多弗尔在一张蓝色的画布上完成了拉斐尔为锡耶纳赞助者所绘的圣母。拉斐尔在建筑师兼木匠巴乔达·尼奥洛的作坊中，遇见了其他年轻艺术家；他对阿尔贝提（Alberti）绘画想法的注意，还有对北部版画，尤其是阿尔布雷特·丢勒（Albrechet Durer）的作品的了解，均在一个寒冬的夜晚举行的“非凡的讨论和重要的辩论”中激发。
拉斐尔既学习15世纪艺术家的作品，又学习现代大师的作品。拉斐尔认为马萨乔（Masaccio）的壁画比布兰卡奇礼拜堂（Brancacci Chapel）中所有的壁画都要精美。他也对多纳泰罗（Donatello）的圣弥额尔教堂（Orsanmichele）的雕塑非常关注。实际上，拉斐尔在佛罗伦萨发现自己身边有太多可以学习的杰出的雕塑草图，包括15世纪雕刻家德西德廖·达·赛蒂尼亚诺和卢卡·德拉·罗比亚在内的绘制的圣母浮雕，拉斐尔的父亲曾对他们有着浓厚的兴趣。一些画家和制图人，比如波拉约罗（Pollaiuolo）、韦罗基奥和吉兰达约等都对拉斐尔有影响力。
菲利皮诺·利皮（Filippino Lippi）在拉斐尔第一次到访佛罗伦萨时还在世，拉斐尔在卢浮宫的两幅作品显示出学习了他在圣母玛利亚教堂斯特罗兹礼拜堂拱顶上的作品。奇怪的是，拉斐尔没在波提切利（卒于1510年）那里借鉴任何东西。
拉斐尔并未局限于学习其他艺术家的作品，很快成功地吸引了佛罗伦萨公民中重要的赞助者。瓦萨里是第一手了解这些画作的人，对拉斐尔在佛罗伦萨的绘画活动的描述，比对其他画家在其他城市的描述更准确细致。这些画作后来大部分都由当初赞助者的后裔继承了。拉斐尔吸引了很多统治精英阶级中的富豪家族成员的个人委托。尽管瓦萨里只提到五个家族，但拉斐尔大量没确定归属的关于圣母的作品说明他曾为很多家族工作过。
拉斐尔与“一个热爱社会并能力出众的人”—— 著名商人塔迪欧·塔代伊（Taddeo Taddei）的接触，大概在佛罗伦萨是最重要的一次接触。塔代伊在维阿吉诺里（Via de Ginori）的宫殿是由巴乔达·尼奥洛设计的。1508年，当塔代伊造访乌尔比诺时，通过共同的朋友皮耶罗·本博与拉斐尔相识。拉斐尔提前给叔叔写信，希望叔叔能张开双臂欢迎他敬爱的朋友，会“像感激生命一样感激他”。塔代伊和拉斐尔的很多佛罗伦萨赞助人都有亲密关系，为拉斐尔在佛罗伦萨大开方便之门，包括《金翅雀圣母》的赞助者洛伦佐·纳思（Lorenzo Nasi，1485—1547）。
拉斐尔用两幅画作报答了塔代伊的热情。这两幅画作融合了“皮耶罗早期的绘画方法和拉斐尔后来习得的更好的方法”。这显然适合于1504年至1505年的《圣母子与天使》（The Terranuova Madonna ），与拉斐尔同时代的在佩鲁贾的作品，如康纳斯太尔（Conestabile）的《安西帝圣母》在风格上相似。前面圣母倾斜的头，梨型的脸部，向下看的眼睛和甜美的表情，以及施洗者约翰的张着嘴向上凝视着的表情，都体现出佩鲁吉诺风格。然而，对圣母胸部的描绘，对徘徊于基督和其兄弟之间的用来顺利进行他们重要交换的手部的透视、小基督更加复杂扭曲的姿势、小基督的头发及皮肤精细的描绘，体现出拉斐尔对达·芬奇设计的领悟。拉斐尔的不成熟，还是明显地体现在其画作从不对佛罗伦萨的浮雕版式的设计作出妥协，关于这一点，他很快在米开朗基罗的大理石浮雕，以及他自己为塔迪欧·塔代伊所作的作品中学到很有价值的一课。
