万历二十年六月，宁夏镇。
各路军马将宁夏镇围得水泄不通，数万大军经过两个月的攻打，宁夏镇依然安然无恙，叛军仍在坚守待援。
这日清晨各路讨逆大军在宁夏镇城外集结，双方开始骂，一直骂到晌午，士兵肚子开始咕咕叫，董一奎忍不住了，一声令下，众军开始攻城。城上叛军奋勇还击，檑木、石块纷纷往下砸，官军用火炮、鸟铳、云梯发起一轮轮攻击，坚固的宁夏镇还是纹丝不动。到了傍晚，官军死伤惨重，董一奎只好收兵回营。
六日，甘肃巡抚叶梦熊提一千五百名苗兵和四百辆神炮战车抵达宁夏镇外的官军大营。
此前，魏学曾已经跟叛军达成和议，叶梦熊来到后一意主战，学曾说道：“已与叛军达成和议，如若不履行和议，有辱国体。”
“总督真乃书生用事啊，哱拜时叛时降，不可信也，如若形成成例，谁都能反叛而毫无顾忌，叛军之所以愿意归降，实乃拖延时间以待河套部前来援助，只要能将叛军消灭，谁还在乎其他的事情呢？”说罢，叶梦熊大笑起来。
看着魏学曾仍然犹豫不决，叶梦熊接着说道：“万岁的心思是剿还是抚，你难道还没有掂量清楚吗？圣上赐汝尚方宝剑究竟是何用意？不要到了最后，宝剑砍到了你的脑袋上。”
魏学曾如梦方醒。
接着，魏学曾召开会议：董一奎攻南门，牛秉忠攻东门，李昫攻西门，刘承嗣攻北门，麻贵率游兵策应。
四镇总兵各统率本部向四城发起攻击，为了抢功，四镇总兵都争先恐后开始攻城。城上，哱拜之子哱承恩、义子土文秀亲自指挥众军反击，四城的叛军用佛朗机炮对着城下官军猛轰，接连不断的火铳往下打，在城上火炮的打击下，官军的云梯也无法靠近，攻城的官兵都被火铳和石块打了下来，战斗正酣处，哱拜打开北门带兵冲了出来，意欲向河套蒙古部求援，参将马孔英力战哱拜，哱拜只好退入城中。
二十二日，李如松统辽东、宣府、大同、山西兵到达宁夏镇，官军声威大震，李如松单独立营，不受魏学曾命，此时，各路平叛大军已达六万。
二十三日，魏学曾命李如松随同攻城，如松不理，学曾大怒。
二十四日，李如松麾下三万官兵一人提着一个装土的布袋聚集在南门下，李如松一声令下，官兵们开始堆积布袋，堆积完毕后，李如松命令官兵踩着布袋攻城，众军抗着梯子准备攻城。
哱承恩在城上“哈哈”大笑。
“这群蠢货。”哱承恩骂道。
叛军的火炮对着布袋堆上的官兵猛轰，虽然布袋的堆积减少了城墙的高度，但在高大的宁夏镇面前，仍然是无济于事，哱承恩让人将一桶桶油渣倒在布袋上，然后便把火把丢了下去，大火顷刻间燃烧起来，官兵纷纷跳了下去。
二十五日夜，监军梅国桢领都司李如樟率苍头军搭梯子悄悄摸向南城墙，李如樟刚一踏上南城墙，埋伏在城上的叛军呐喊而起，李如樟被打得措不及防，跌下城去，正好倒在正在爬梯的官兵身上，连带着整梯人都滚了下去。叶梦熊看见苍头军在登城，急令手下苗兵登城，城上叛军将点燃的成捆柴草和硝磺扔了下去，官兵遂退。
二十六日，游击龚子敬率一千五百名苗兵攻南门，苗兵们推着云梯逼近南门，然后苗兵将云梯靠在城墙上，接着开始攻城，董一奎率领本部兵马用攻城车撞击南城门，苗兵个个奋勇当先，拼死登城，面对苗兵的攻击，城上叛军用一排排长铳向下打来，有些苗兵被推了下去，随即又继续往上爬，爬上城头的苗兵立刻跟叛军混战在一起，不断有苗兵的尸体从城头跌落，有的苗兵抱着叛军从城头滚下来，眼看叛军支持不住，李如松带着大队人马撞击城门，城门被撞开后，李如松当先冲进城去，此刻喊杀声震天，眼看大队官兵就要进城，此时，从城内赶来的各路叛军端着长铳阻击官兵，李如松不敌，李如柏掩护李如松退出城去。官兵退走后，叛兵从城头上用绳索缒下城来，将搁在城外的两座云梯烧着，战斗结束后，双方各损失千人。
当天夜里，南城墙上缒下一人，此人摸进了官军大营，官军带此人见了魏学曾。
“你是何人？”魏学曾问道。
“末将姚钦，乃指挥赵承光部下，我等受哱拜、刘东旸所逼，不得已而叛乱，现今赵指挥欲于明日丑时打开南城门，到时候举火为号，届时你们可以直接杀进城去，如此叛乱可平。”来人说道。
魏学曾迟疑了半天，然后说道：“你先回去，告诉赵承光，如果南城门打开，我们自会进去。”
二十七日深夜，宁夏城内喊杀声四起，南城楼上燃起了篝火，南城门大开，城内奔出来几个军士摇着旗，招呼城外官兵进城。
魏学曾盯着南城门，从城内奔出来的那几个军士仍旧万分灼急的吆喝官兵进城，恨不能跑进官兵大营揪着魏学曾的耳朵让他下令进城，魏学曾恐防有诈，一直拿不定主意。
“董一奎，你带五百人去南城门那里看看。”魏学曾命令道。
董一奎带着人向南城门奔去，走在半路上的时候，城内叛军终于拥了出来，将城外的几名军士抓进城去，城门随之关闭。
第二天清晨，赵承光、葛臣、姚钦、张遐龄等五十一人被绑缚南城门楼上，行刑完毕后，叛军将这五十一人的首级悬挂在城楼上。事毕后，学曾亲自上书朝廷请罪，监军梅国桢也将此事上奏朝廷。
二十九日，刘承嗣率兵在北城墙根处凿地道，官兵躲在铁制障碍物下面，城上叛军扔下石头皆不能伤。官兵从早上挖到晌午，眼看城墙根部越挖越深，城中叛军将领刘东旸率兵打开北城门向挖坑的官兵杀去，官兵大败，纷纷向军营方向跑去，李如松手持大刀，连砍几名逃兵才稳住阵势，官兵又杀了回去，刘东旸让人将官兵的铁制障碍物带着撤回了城内。梅国桢将这几日的战况写成战报送交朝廷。
三十日，哱拜派使前往官兵大营又言招抚一事，魏学曾又为所动，结果又为梦熊阻。
城内，哱拜召集众将说道：“叶梦熊来后，官兵开始一意围剿，看来只有靠援军才能解宁夏镇围。”
接下来，哱承恩遣克力益率五十名骑兵出城向河套着力兔部求援，李如松发现后，随即命参将李宁在后追赶，李宁带领官兵在后面用鸟铳射击，包括克力益在内，接连打死二十九人，与此同时，哱承恩又遣三百骑兵携金银珠宝突围出去向蒙古河套部卜失兔求援，三百骑兵从北门而出，不与官兵纠缠，径向西北而去，官兵在后掩杀。
接到求援的卜失兔联合庄秃赖，尽起三万兵马杀奔而来。
由于萧如薰镇守平虏，叛军围两月而不能破，所以河套部援军无法从北方而来，只有绕道从东南方向的沙湃口杀奔宁夏镇。
消息传来，魏学曾向叶梦熊问道：“哱军已向河套部求援，如果援军来到，叛军再杀出城外，我等必然大败，到时候朝廷怪罪下来，我等脑袋不保，所以一定要将援军阻击住，你看派谁去合适？”
“你想派谁去呢？”叶梦熊说道。
“李如松。”魏学曾说。
“不可，李如松胆子大，不稳重，你让他向左，他偏向右，还是用麻贵吧，老实、稳妥。”梦熊说。
学曾点了点头。
中军帐中，魏学曾指着地图说道：“敌部先锋土昧、弭纠雷率领五千兵马攻打定边、小盐池，打正率兵一万越过沙湃口正向宁夏镇袭来，麻贵率骑兵五千抵挡打正，董一元率骑兵三千出塞扫敌巢穴，龚子敬率苗兵八百扼守沙湃口，堵住敌军归路。”
魏学曾布置完毕后，麻贵率领五千骑兵向东南方向奔去，大军快要到达石沟城的时候，前方烟尘弥漫，万马奔腾，打正正率领一万骑兵奔来。
“挡——”麻贵喊道。
正在飞奔的明军拿着盾牌遮挡蒙兵射过来的箭镞。
“放——”麻贵喊道。
明军端起火铳开始射击。
一轮射击后，蒙古兵也端起火铳向明军射击。
接下来，双方开始在石沟城血战，二个时辰后，双方都打得筋疲力尽，麻贵遂带大军后撤，打正不敢追赶，于石沟城外宿营。
第二天，明军开始对着蒙军兵营猛攻，双方又是一场拚杀。晌午，蒙兵哨马来报打正：“明军出塞攻击我部，妇孺皆被屠戮，牲畜都被掳走，卜失兔、庄秃赖已经退去” 。
打正听到后，立刻昏厥在地，众人救醒后，打正已无心再战，遂率兵回撤，麻贵在后追赶。蒙古兵抵达沙湃口的时候，龚子敬的八百苗兵堵住了隘口，打正兵马立刻将八百苗兵团团围住，八百苗兵与打正的数千兵马血战，龚子敬战死，麻贵赶到后，打正越过沙湃口出塞而去，剩下二百苗兵。
打正出塞后，正碰上董一元的大军从塞外归来，打正满腔怒火迎了上去，双方正在酣战，麻贵又引兵而来，打正又往北撤，麻贵、董一元合兵一处，追出塞外八十里。此战下来，打正一万兵马连死带俘，折损七千。打正败退后，土昧、弭纠雷所部随即退走。
打退河套蒙古的援助后，叶梦熊对魏学曾说道：“宁夏镇处于洼地之中，西北面有金波湖和三塔湖，东南有观音湖、新渠、红花渠，平叛之前，朝议认为可决水灌城，如今宁夏镇久围不下，我看可以水攻了。”
“好吧，那就如此。”魏学曾说道。
魏学曾和叶梦熊命刘承嗣沿宁夏镇筑堤，然后将高处水源引入堤内，以淹宁夏镇。
七月十七日，环宁夏镇的堤坝建成，同日朝廷旨意来到，罢魏学曾，以叶梦熊代之，尚方宝剑转交给叶梦熊，魏学曾待罪军中。
接任总督的叶梦熊随即召开会议，李如松为叶梦熊所慑，竟也来到中军大帐。
“圣上平叛心意已决，明日决水灌城，各路兵马归我统一调度，有不服从号令者，我有先斩后奏之权。”叶梦熊说道。
官兵挖开了高处的水源，大水沿着挖好的沟渠奔向宁夏镇，大水灌至七月三十日，宁夏城外水深已达八、九尺，一阵风吹来，水面竟起波浪，水已透过城墙渗了进来，城内士兵开始堵漏。城内叛军望着城外日益上涨的大水，异常恐慌，当天夜里，城内叛军从城墙上放下小舟，人从城上用绳子坠了下来，叛军乘两艘小船来到堤坝旁，打算挖堤放水，官兵发现后，将船上叛军射死，又生擒一人。官兵将抓住的人送到中军大帐。
“城内情况如何？”叶梦熊问道。
“自从官兵淹城以来，城内军民惶恐，夜晚人都睡在房顶上，前些日子，民众跟军士发生冲突，民众要求军士投降，哱承恩说，朝廷已经颁发招安铁券，官兵却将铁券藏而不发，欲破城后杀光百姓，百姓对城外官兵忿恨异常。”被捕军士说。
“城内存粮还有多少？”叶梦熊问。
“还有一个月的粮食。”被捕士兵说。
第二日，叶梦熊准备了数百份告示，让人绑在箭上射入城内，告示上的大意是官兵以招抚为主，可让百姓先出城，由官军供应粮食。告示射进去后，三日内城中毫无动静。此时，堤坝开裂，堤内之水外泄，致使堤内水位下降，梦熊大怒，斩监堤之人。
八月十六日，叶梦熊慌称朝廷给叛军的免罪铁券已到来，让叛军出城纳降。叶梦熊让刘承嗣于军中设伏，刘东旸带人出城，行至城外，刘东旸发现明军大营安静异常，随即调转马头撤回城内。
八月十七日，锦衣卫来到军中，逮捕魏学曾到京，并带来内阁旨意，严禁梅国桢越权干涉军务。
魏学曾走的时候，军中将领皆相送，梅国桢也前来相送，这是魏学曾与梅国桢第一次见面。
梅国桢乃浙江道御史，年过半百，一事无成，此次宁夏叛乱，梅国桢不断上疏力剿，且自荐为监军，而魏学曾平叛迟缓，主张安抚，梅国桢来到军中后，两人互相看不起，所以两人之间都是通过书信来往，现今魏学曾被押往京师，梅国桢竟也前来相送，眼见魏学曾的惨像，梅国桢竟也凄凄然的落下泪来，叶梦熊让人送魏学曾出百里之外。
十八日，哱拜又遣人往河套著力兔处求援，并许诺把花马池一带送给著力兔，二十一日著力兔率三千骑兵劫了陕西运往宁夏平叛的粮饷，李如松出塞奔至贺兰山，斩著力兔所部一百二十骑，夺回粮饷。
九月三日，一千浙兵抵达宁夏镇。叶梦熊督造一百艘冲锋舟完毕，苗兵、庄浪兵、汉兵开始乘舟攻城。七日，在水的浸泡下，北面城墙开始崩裂，九日，官兵与南城门的守将薛永寿约为内应，麻贵带苍头兵乘冲锋舟猛攻北门，哱承恩、许朝带兵严防北门，此时，李如松带兵已登上了南城墙上，南城上守军撤入城内，官兵随即驻守南城墙上，梅国桢传出命令，禁止官兵入城。
九月十日，哱承恩释放了前往城内招抚的宁夏总兵张杰。
“眼下如何？”叶梦熊向梅国桢问道。
“虽已破城，但城内叛军仍有三万，城内比城外更加凶险，我看还是等其自动投诚为好。”梅国桢说道。
梅国桢让人进入到南关内，找到一个卖油的货郎李登，李登说经常给哱拜家送油，识的哱拜，梅国桢给他十两银子，然后吩咐他行事。
李登来到城内，找到哱承恩，将梅国桢写给哱承恩的信给他。哱承恩拆开信，只见信中说：将军父子自归降朝廷以来，替朝廷镇守边疆，大小边功数十次，现朝廷已查明，此次兵变完全是巡抚党馨克扣军饷而引起，罪在党馨，况杀党馨者乃汉将刘东旸，将军父子何苦待人受过，只要能杀刘东旸便可赎罪。
哱承恩父子看完信后，心中皆动，哱拜在屋内来回走动着思索，最后对李登说道：“你去告诉梅国桢，让他向总督叶梦熊讨来免死凭据。”
李登从哱拜府出去后，又悄悄来到刘东旸府上，将梅国桢写给刘东旸的信交给了刘东旸。
刘东旸拆开了信，只见信中写道：“将军乃汉臣，何必跟着别人造反，替他人顶罪，朝廷已经查明，杀党馨乃哱拜指使，将军只要杀掉叛党，便可重归朝廷。”
刘东旸看后不免心动，便把许朝招来商议对策。
叶梦熊听李登带回的消息后，便给哱承恩父子开了免死凭据。
九月十五日夜，刘东旸将土文秀唤来杀死。十六日清晨，哱承恩、周国柱带人前往南关杀掉许朝，接着周国柱又带兵杀到北关，跟刘东旸手下打了起来，最后将刘东旸及其手下兵马全部杀死，然后将刘东旸、许朝、土文秀的首级悬于城上。城内汉兵和蒙兵连杀两日，已是血流成河，接着，官兵开始入城。官兵入城后，将城内叛军缴了械。
官兵入城后欢天喜地，城内叛军也是欢天喜地，哱承恩将城内所余马匹、牛、羊尽数宰杀，哱拜将家中所藏几千坛酒奉献出来，官兵和叛兵在城内四处豪饮，行酒猜拳，称兄道弟，而官兵将领皆去叛军将领家中畅饮。
九月十七日，南城门大开，哱承恩出城迎接梅国桢和宁夏巡抚朱正色入城。
十八日，叶梦熊入城慰问庆王等宗室和城内百姓，叶梦熊从庆王府内喝的面红耳酣出来，看到街道上到处都是喝酒喧哗的士兵，还有很多百姓也跟着士兵们一起喝酒、吃肉，醉醺醺的士兵都上前来邀请叶梦熊喝酒，梦熊心中大悦，一碗碗的喝，然后也劝兵士喝，兵士正与总督同乐的时候，叶梦熊看着面红耳赤、东倒西歪、胡言乱语士兵的时候，他感觉到什么地方不对，他猛然醒悟，顿时出了一身冷汗，酒已醒。叶梦熊唤来李如松，李如松此时已是面红耳赤，移动不得，李如松两手搭在叶梦熊肩膀上，口不利索。叶梦熊凑到李如松耳朵旁说了一番话，李如松随即酒醒，连忙招呼诸位将领。
李如松拿着皮鞭，带着没喝酒的士兵前来驱赶四处喝酒吃肉的士兵，将所有喝酒的官兵召集起来。此时，哱承恩正在梅国桢住邸处喝酒，喝完后，哱承恩刚出门即被参将杨文带领的浙兵绑缚起来。十八日清晨，总兵牛秉忠带着礼物前往哱拜家拜访哱拜，哱拜大喜，设宴款待牛秉忠，酒至正酣处，忽闻外面有喊杀声，牛秉忠慌忙辞别哱拜出。哱拜遂将屋门关闭，哱拜拿着刀看着一家老小，哱拜的小儿子、小女儿也睁着眼睛看着哱拜，哱拜摸着儿女的头说：“我不能让官兵将你们押进京活剐了啊！”然后便将全家十几口人杀死，后自杀。
此时，哱府内还有两千多家丁，李如松率领官兵包围了哱府。
“总督有令，进去搜查，不要放走一人。”李如松命令道。
李如松带兵闯入哱拜府，将全府上下两千多人全部杀死。
宁夏平后，哱承恩及其他被俘人员被押解进京，凌迟处死。
李如松整理好队伍开始向辽东进发，如此同时，蓟州、保定、山东、浙江、山西、南直隶各军纷纷向辽东集结。
在朝鲜的沈惟敬兴冲冲地回到京师，来到石府，石星府上人说：“石大人在内阁班房” 。沈惟敬又慌忙进宫去见石星，内阁值班房内算盘声不绝于耳，很多人都在班房内。沈惟敬推门进去，内阁一干人都在那里，还有张诚。石星看见沈惟敬，说：“你到外面等一下。”沈惟敬退了出去。
稍倾，石星出。沈惟敬慌忙迎上去说：“老爷，我去朝鲜跟倭寇谈妥了，倭寇说… … …”
“我知道，朝鲜那边来国书了。”石星说道。
“倭寇说要跟我大明贸易。”沈惟敬说道。
“这事不要再说了，西北战事九月份已经结束了。”石星说道。
沈惟敬呆呆地站在那里。
万历二十年十二月，朝廷任命宋应昌为备倭经略，李如松为蓟辽保定山东防海御倭总兵官提督，统帅各路军马四万三千人奔赴朝鲜，同时从内承运库拨银一百万两，由兵部尚书石星置办军需粮草。并昭发天下：有生擒或杀死平秀吉者，封万户侯，赏格从优；有生擒或杀死平秀次者，封万户侯；有杀死或生擒小西行长、宇喜多秀家及其同级别敌将者，赏银五千两；有出谋划策能驱逐敌虏，恢复朝鲜一国和平者，赏银一万两，封伯爵世袭。
赴朝剿倭四万三千人组成如下：辽东精骑一万人；宣府精骑八千人；大同精骑八千人；江浙步兵三千人；蓟镇精锐步兵五千人；保定府精锐步兵五千人；后续部队为四川副总兵刘铤率领的川军五千人。
“皇上，此次朝鲜剿倭海内外纷纷响应，暹罗、安南、琉球、缅甸、老挝、尼泊尔、苏门答腊都愿意出兵相助，各省督抚也纷纷上表自带粮草请战。”张诚对万历说道。
神宗仿佛没听见张诚的话。
“播州的杨应龙也愿意出兵啊，皇上。”张诚说。
“哦？”万历惊讶道。
“杨说愿意出兵五千，并交银两万两以抵其罪。”张诚说。
“那就让他去吧。”皇帝说。
