民国建立之初，各省纷纷独立，军队众多，江南乱成了一团麻。苏州都督程德全是一个官僚革命者，总算是从前清蜕变出来了。上海都督陈其美、镇江都督林述庆、清江都督蒋雁行、扬州都督徐宝山都是独张一帜，各自为政。
南北统一之后，南京临时政府搬到了北京，按理说应该裁剪南方的军队。于是袁世凯命令黄兴留在南京处理裁兵的事情，并把王芝祥拨给了黄兴当助理。之后各镇的都督都被陆续撤销，黄兴看事情都处理得差不多了，于是就发电报给袁世凯提出辞职。袁世凯却回电说要黄兴停止裁兵，并把陆军次长蒋作宾调到南京去。一个王芝祥，一个蒋作宾，都是袁世凯安排的眼线。但黄兴执意辞职，又递上了辞职书，袁世凯只好派之前的程德全到南京接手裁兵的事情，并命令黄兴去北京商议政事。这时孙中山正在各省游历，到处宣扬民生主义，不请他也未免尴尬，所以也发了电报邀请孙中山进京商议要事。之后袁世凯又正式任命了各省都督。列举如下：
直奉都督冯国璋、奉天都督赵尔巽、吉林都督陈昭常、江苏都督程德、江西都督李烈钧、福建都督孙道仁、湖南都督谭延闿、河南都督张镇芳、陕西都督张凤翙、新疆都督杨增新、广东都督胡汉民、云南都督蔡锷、黑龙江都督宋小濂、安徽都督柏文蔚、浙江都督朱瑞、湖北都督黎元洪兼领、山东都督周自齐、山西都督阎锡山、甘肃都督赵惟熙署、四川都督尹昌衡、广西都督陆荣廷、贵州都督唐继尧署。
袁世凯还规定了官职的等级，像国务总理以及各部总长、各省都督这种级别最高的职务都是特任官职，下面又分成九等，一二等是简任官，三四五等是荐任官，六七八九等是委任官。还制定了勋章等级，大勋章由总统佩戴，上面刻着日月星辰山龙华虫宗彝藻火粉米黼黻十二章，之下也分了九等，都刻有嘉禾，只以颜色的差别区别等级。陆海军勋章用白鹰和文虎，也分成九等，用颜色区分。除了勋章以外，还有勋位，大勋位最高，依次到勋五位。除了五色旗是国旗之外，海军沿用青天白日旗、陆军之前用的十八星旗改为十九星旗。所有的礼节，男子都行脱帽鞠躬，大礼三鞠躬，常礼一鞠躬，平时见面打招呼摘下帽子就行了。女子的行礼方式也差不多，只是不用摘帽子，只鞠躬就行了。
陆军官制分三等九级，上等称做将官，中等称做校官，初等称做尉官，各分上中少三级，军士分上士中士下士，兵卒分上等兵一等兵二等兵，军队编制，每十四个步兵人作为一棚，三棚为一排，三排为一连，四连为一营，三营为一团，二团为一旅，二旅为一师。把前清镇协标队的名称，统统改名。海军的官制稍有差别，例如军医、军需造械、造舰等等职位，还有总监主监上监中监少监等职位，都跟陆军不同。
学校也分成四个等级，一等是大学，接着是中学，再低一等高等小学，最后是小学。后来都改称为国民学校。小学四年毕业，高等小学校，三年毕业，中学校四年毕业，大学本科，三年或四年毕业、专科三年。类别有师范学校、实业学校，专门学校，大致都是四年或三年毕业。
法院分为了四级三审，大理院是法院最高机关，下面是高等审判厅、地方审判厅、初级审判厅。由初级审判厅起诉，如果不服判决，则上诉到地方厅，再不服地方厅的判决，上诉到高等厅，高等厅判决都就成定案，不能再上诉到大理院。但从地方厅起诉之后，不服判决，就可以经过高等厅上诉到大理院，这就称为三审。诉讼条规有刑事民事二种，刑事条件是被告应该惩罚，也称为公诉。民事条件是被告未必犯了罪，但侵害到了个人利益，请求司法官私了赔偿，所以又称为私诉。刑法分为主刑和从刑，主刑分为五等，死刑最重，无期徒刑次之，接着还有有期徒刑和拘役或罚款。从刑分为两个等级，一是剥夺政治权利，二是没收财产。
另外，立法机关是共和国中的根本，之前参议院是各省的代表组成的，现在国家统一了，应该改成国会。并且《临时约法》中第五十三条规定，限期十个月之内，颁布国会明文，袁世凯不能违约，参议院也不能延迟商议，于是选定了日期开会，决定国会组织法和参议院、众议院议员选举法。
国会组织法共二十二条，施行两院制——参议院和众议院。参议院议员由各省省议会选出，每省十名。蒙古选二十七名，西藏选出十名，青海选出三名，中央学会得选出八名，华侨选出六名，一共二百九十四人。众议院议员由各地人民选举，每八十万个人选出一人，各省的人口数量不一样，所以选出的议员数量也不同。初定直隶省四十六名，奉天省十六名，吉林省十名，黑龙江省十名，江苏省四十名，安徽省二十九名，江西省三十五名，浙江省三十八名，福建省二十四名，湖北省二十六名，湖南省二十七名，山东省三十三名，河南省三十二名，山西省二十四名，陕西省二十一名，甘肃省十四名，新疆省十名，四川省三十五名，广东省三十名，广西省十九名，云南省二十二名，贵州省十三名，蒙古二十七名，西藏十名，青海三名，一共五百九十五人。
参议员任期六年，每二年改选三分之一，众议员任期三年。两院议员的职权，一是建议权，二是质问权，三是有权请求查办官吏受贿的行为，四是答复政府的咨询，五是受理人民的请愿，六是允许逮捕违法的议员，七是制定院内的法规。至于预算和决算，以及议定宪法都由两院合办。两院议员的人数必须达到半数出席才能开始商议，议案也必须得到过半数议员的同意后才能决定，同意票与否定票相同的时候，由议长决定结果。每年开会的时间加起来有四个月，如果事情重大来不及决策，就延迟会期，这些便是国会组织法的大概了。
两院议员的选举采用记名投票的方式，得票过半就生效。参议院由省议会选举会选出，众议员由人民公选。人民的权利分选举和被选举权两种，选举权专属于民国国籍并且年满二十一周岁的男子，同时还要满足以下四个条件之一才具有选举权：一是每年缴税两元以上；二是有五百元以上的不动产，蒙、藏、青海三地可以加上动产；三是已经从小学或者以上学校毕业的；四是具备小学以上毕业资格的。被选举人也有资格限定，首先必须是民国国籍男子，年龄要年满二十五岁。如果是蒙、藏、青海等地的人还必须通晓汉语。对于犯法后被剥夺了政治权利的，以及宣告破产、或者患有精神病、吸鸦片烟和不识字的人，都不具有选举和被选举权。
正在服役的海陆军人、处于征调期的续备军人、现任的行政司法人员和巡警、僧人、道士和其他宗教师、小学教师、选举现场的工作人员都暂停选举与被选举权。蒙、藏、青海只有军人可以停止选举权和被选举权，选举除蒙、藏、青海三地之外都分为初选和复选两道程序。初选在各县举行，名额定为最后正式议员数量的五十倍，通过初选的人才能进入复选。不管是初选还是复选，都设置有监督人员，初选的监督人员是该选区的行政长官，复选的则是全省的行政长官。
各项选举方法经过参议院决议之后，全都交给了袁世凯过目。袁世凯当即公布，并且下令由内务部规定选举区，然后一一公布。各地正在紧张筹备的时候，四川都督尹昌衡忽然连发了几份电报称，西藏动乱，影响目前的形势，并且请命西征。袁世凯随即准了他的请命，把四川所有的印章交给胡景伊保管。于是尹昌衡率领了两千五百人浩浩荡荡出征西藏，真有一种步年羹尧后尘的感觉。
清末光绪年末的时候，西藏教主达赖喇嘛曾经入京觐见，还被封为西天大善自在佛。这时光绪帝和慈禧太后相继逝世了，达赖念经超度忙活了好几天，等到两宫都安葬好了，达赖回到西藏却受了俄国人的蛊惑，竟然在西藏造反扰乱秩序。清廷于是削去了他的封号，把他驱逐出国，并下令让驻藏大臣重新立了一位达赖喇嘛。
这事还没平息，中国又兴起了革命军。退位的达赖喇嘛手下有一名俄国参谋，一直深得达赖喇嘛的信任，曾经还被达赖派遣去俄国首都圣彼得堡传递秘密。这次听说中国内地各省有大半都已经独立，俄国参谋竟然极力怂恿达赖带领西藏独立。达赖喇嘛偷偷回到西藏后，就把清廷派遣来的官吏全部驱逐出去，自己独立了起来，还扬言要杀掉所有在西藏的汉人。
幸好陆军的统领钟颖带兵赶到，竭尽全力保住了西藏，达赖喇嘛这才不敢再轻举妄动。于是尹昌衡任命钟颖为西藏行政使，后来汉人与藏人又多次发生冲突，英国军队以保护侨商的名义进兵西藏。尹昌衡立即通知了北京，请求任命钟颖为办事长官，袁世凯当然允许了请求。但藏独分子一直歧视汉人，不管钟颖如何威胁打压，他们始终不肯就范。还有汉人在拉萨搭台演讲，也不知如何得罪了藏人，竟然造成了双方决裂，还为此大动干戈。
藏人于是起来纷纷响应，把汉人困在了拉萨后，分成两股势力，一股从西面入侵西藏后方，一股从东面进攻里塘。里塘位于打箭炉的西面，虽然是驻藏大臣来往的驿道，但是跟四川的省会距离太远，守兵实在少得可怜。藏人一来，守兵只好把所有兵力集中用来守住阵地，并飞鸽传书到北京请求支援，可远水又怎么救得了近火？支援军队好几天都没到，最后里塘失守，汉人纷纷逃往内地。藏人占领了里塘后趁势想要占领巴塘，四川边境岌岌可危，尹昌衡于是请命出师，并被加授为镇抚使。
尹昌衡率军西征的途中收到巴塘的捷报，心里稍微安心了一些。又过了两三天，竟然也传来了里塘的喜报。原来是边境军队的统领顾占文因为里塘失守，加强了防守，并派遣心腹四处打探藏人的消息。七月上旬的时候，顾占文得知藏人要分两路进攻巴塘，一路堂而皇之的从大路进攻，一路从偷偷小路翻山越岭。顾占文知道了这个诡计后索性将计就计，一边派兵在大路截住藏人，自己却带着精兵到了小路，设了埋伏守住要害。
藏人翻山越岭，还特意绕了远路而来，但他们争先恐后，毫无组织和纪律，这边几十个人，那边几十个人，还只能靠这双脚走路。他们快走到大朔山旁边的时候，天色暗了下来，遥望前面，只看得见参天的古树和满地的蔓草，隐隐约约露出一点夕阳，遮掩住满山的秋色。藏人来不及欣赏美景了，凭着毅力一直往前走，暗自想着翻过这座山就到巴塘了。而且沿途一直都很安稳，没有遇到汉人阻拦，这出其不意的攻击一定可以一举拿下巴塘。
正在他们趾高气昂打着如意算盘的时候，猛听得一声号响，震得山谷俱鸣，木叶乱下。大家都慌了神，齐声叫着：“不好了！不好了！”话还没说完，只看见汉人从四面八方杀过来，枪声炮声不断，躲都没地方躲。藏人逃命要紧，竟然巴塘也不要了，四处逃窜。逃到东边，也响起一阵枪声，打死了好多藏人，折回到西边，又碰到一队汉人恶狠狠的冲过来，活捉了好多藏人。有几个藏人仗着一股蛮力拼死突围了出去，最后死了一半、逃了一半。
顾占文乘胜追击，顺路赶到里塘，里塘此时没人驻守，顾占文不费丝毫力气就收复了里塘。从大路进攻的藏兵得到小路部队失败的消息后，也都狼狈地逃生去了，顾占文随即率领军队追杀出去，一场围剿杀死一百多个藏人，只有几个命大的逃了出去。捷报频传，尹都督十分欣慰，于是赶回了打箭炉。打箭炉是四川、西藏来往的孔道，汉人藏人生活在一起。尹都督于是就驻扎在这了，免不得要欣赏一番美景。偶尔见到一些女子，比较之下，觉得有几个风姿绰约，面不粉而白，口不脂而红，眉不黛而翠，显得比汉人更加楚楚动人。山泉藤蔓旁还经常有姐妹花唱着南蛮歌曲呢，尹昌衡飘飘乎过着神仙一般的日子。于是挑选了几个美女填充后室，乐不思蜀。
西藏的事情还没平息，湖北又起了风波，详细情况下章叙述。
